Подобно Лионской унии, Флорентийская не была принята на Востоке, и возвратившийся в Константинополь Иоанн быстро увидел, что задуманное им дело не удалось. Около не подписавшего унию Марка Эфесского сплотилась многочисленная православная партия; многие из подписавших унию взяли свои подписи обратно. Исидор, решившись по возвращении в Москву ввести унию в России и приказав в Успенском соборе прочесть торжественно грамоту о соединении церквей, также не нашел никакого сочувствия и, будучи назван великим князем не пастырем и учителем, а волком, был заключен в монастырь, откуда бегством спасся в Рим. Восточные патриархи, Александрийский, Антиохийский и Иерусалимский, высказались также против унии, и на Иерусалимском соборе 1443 г. Флорентийский собор был назван «скверным» .
Католическая церковь, однако, до сих пор признает всю важность решений Флорентийского собора, и еще в XIX веке папа Лев XIII в своей энциклике (окружном послании) о соединении церквей призывал православных возвратиться именно к решению этого собора.
Последний византийский государь Константин XI, подобно своему брату Иоанну VIII, видел спасение гибнущего государства в унии.
Вопрос о соборе в Святой Софии
Некоторые ученые утверждают, что в 1450 году в храме Св. Софии будто бы был созван собор с многочисленными представителями православного духовенства. В присутствии приехавших в Константинополь патриархов — Антиохийского, Александрийского и Иерусалимского — собор этот, осудив унию и ее сторонников, восстановил православие. Издавший впервые отрывки деяний этого собора еще в XVII веке известный ученый Лев Алляций признал их подложными. С этого времени мнения ученых разделились. Одни, следуя примеру Алляция, признавали деяния собора подложными и самый собор не существовавшим. Другие, особенно греческие богословы и ученые, для которых подобный собор имел громадное значение, стояли за подлинность напечатанных деяний и считали созыв Софийского собора историческим фактом. Вопрос этот в последнее время решался скорее в пользу признания деяний Софийского собора подложными и отрицания самого факта созыва такого торжественного собрания, хотя и теперь еще раздаются голоса против подобного взгляда. Во всяком случае, мы не имеем достаточных оснований утверждать, что при Константине XI имел место открытый, утвержденный собором разрыв с унией. Наоборот, видя приближение смертельной опасности для города, Константин снова обратился за помощью к Западу. Однако вместо желаемой помощи в Константинополь прибыл бывший московский митрополит и участник Флорентийского собора, сделавшийся кардиналом Исидор. В декабре 1452 г., то есть за пять месяцев до падения города, он устроил в Св. Софии торжественное провозглашение унии и отслужил униатскую обедню с поминовением папы. Это вызвало сильнейшее возбуждение среди городского населения.
После падения Константинополя, под турецким владычеством, религия и религиозные учреждения греков сохранились. Несмотря на отдельные акты насилия турецкого правительства и мусульманского населения против представителей Греческой церкви и православного населения, надо признать, что при Мехмеде II и его ближайших преемниках дарованные христианам религиозные права соблюдались довольно строго. Личности патриарха, епископов и священников признавались неприкосновенными. Все духовные лица считались свободными от подати, в то время как весь греческий народ был обязан платить ежегодную подать (харадж). Половина столичных церквей должна была быть обращена в мечети, а другая — остаться в пользовании христиан. Церковные каноны сохраняли свою силу во всех делах по внутреннему церковному управлению, которое, будучи осуществляемо патриархом и епископами, пользовалось самостоятельностью. При патриархе существовал Священный Синод; патриарх и Синод вели дела церковного управления. Все религиозные действия могли отправляться свободно. Во всех городах и деревнях разрешалось торжественное празднование Пасхи и т.д. Эта религиозная терпимость сохранялась в Турецкой империи до наших дней, хотя с течением времени случаи нарушения религиозных прав христиан со стороны турок участились, и положение христианского населения временами было очень тяжелым.
Первый Константинопольский патриарх при новом владычестве был избран духовенством вскоре после взятия города и затем признан султаном. Выбор пал на образованного полемиста и разностороннего писателя Геннадия (в миру Георгия) Схолария. Он сопровождал Иоанна VIII на собор в Феррару и Флоренцию. Тогда он был сторонником унии, ко времени же своего патриаршества он превратился в ее противника и ревностного защитника православия. С его избранием греко-римская уния полностью прекратила свое существование.
Политические и социальные условия в империи