Вопрос о внутреннем состоянии империи при Палеологах в смысле ее общего управления, финансового и социально-экономического положения принадлежит к числу наименее разработанных и наиболее трудных и сложных вопросов византийской истории. Изданный обширный материал с данной стороны еще недостаточно обследован, использован и оценен. Много драгоценного материала, особенно в виде хрисовулов, монастырских и частных актов, хранится еще среди рукописных сокровищ различных библиотек Востока и Запада. Одно из самых важных мест занимают рукописи афонских монастырей, в изучении которых немалую роль сыграли русские ученые.
В XVIII веке русский путешественник В. Г. Барский посещал афонские монастыри дважды (в 1725—1726 и в 1744 гг.) Он был современным ученым, который познакомился с богатствами исторических архивов Афона. Составленное им детальное описание увиденных документов пролило яркий свет на эти ценные источники. В XIX веке русские ученые епископ Порфирий Успенский, П. Севастьянов, Т. Флоринский и В. Регель ревностно работали в монастырях Св. Горы и опубликовали большое количество весьма важных документов, касающихся внутреннего положения империи. Особенно важны акты, изданные в приложениях к ряду томов «Византийского временника». Эти публикации содержат обильное количество еще мало использованного материала для более углубленного проникновения в условия внутренней жизни позднейшей Византии. В самом конце XIX века греческий ученый С. Ламброс опубликовал каталог греческих рукописей Афона. Однако, вследствие обстоятельств, превосходящих возможности С. Ламброса, он не смог включить в свой каталог описание двух самых важных коллекций рукописей, находящихся в монастырях Лавра и Ватопеди. Каталог греческих рукописей библиотеки монастыря Ватопеди был опубликован в 1924 году. В 1915 году французский исследователь Г. Мийе (Millet) был послан на Афон, где он собрал серию документов из архивов Лавры, которая была, согласно одному хрисовулу, «головой и Акрополем всей монашеской республики».
Во введении к каталогу греческих рукописей монастыря Ватопеди авторы писали: «Святая Гора сохранила и спасла в целости византийскую цивилизацию и духовные силы греческого народа».
Богатый материал по эпохе Палеологов содержится и в других библиотеках. Большое значение имеет собрание документов, опубликованное Миклошичем и Мюллером в Acta et diplomata graeca medii aevi, как и многочисленные издания греческих текстов греческим ученым К. Сафой (С. Sathas). Наконец, недавно опубликованные акты Вазелонского монастыря, расположенного рядом с Трапезундом, дают новый и богатый материал по истории крестьянского и монастырского землевладения не только Трапезундской империи, но и Византии в целом в период с XIII по XV века.
При незначительности территории восстановленной империи Палеологов и при ее постоянном уменьшении, при непрекращающихся угрозах со стороны норманнов, турок, сербов, венецианцев и генуэзцев, империя перешла при Палеологах в разряд второстепенных государств и не могла жить правильной, налаженной внутренней жизнью. Расстройство во всех частях государственного механизма и упадок центральной императорской власти являются отличительной чертой этого периода. Длительные династические усобицы двух Андроников, деда и внука, Иоанна V с Иоанном Кантакузеном, заискиванья, с одной стороны, перед папами в виде заключенных уний, никогда не находивших одобрения народных масс, и связанные с этим порою унизительные путешествия императоров Иоанна V, задержанного на обратном пути в Венеции за долги, Мануила II и Иоанна VIII в Западную Европу; подобные же заискиванья и унижения перед турецкими султанами, то в виде платежа ему дани, то в виде вынужденных пребываний при его дворе и выдачи императорских принцесс замуж за мусульманских правителей, — все это принижало и ослабляло в глазах народа власть византийского басилевса.
Сам Константинополь, перешедший в руки Палеологов после разгрома и ограбления его латинянами, уже не был прежним городом. Об упадке столицы свидетельствуют как греческие источники, так и свидетельства разнообразных иностранных путешественников и паломников, бывавших в Константинополе.