Дом Энрике Навигатор оказался талантливым руководителем – при нем орден Христа добился значительных военных успехов и даже основал пребывавшие под покровительством автономные колонии в Северной Африке (как-никак начиналась эпоха Великих географических открытий). Папа римский Евгений IV (годы понтификата: 1431–1455) даровал рыцарям Христа право на владение десятой частью завоеванных у мавров территорий, в то время как португальский король Эдуарду I (годы правления: 1433–1438) в 1433 г. даровал подчиненному его скипетру ордену Христа статус суверена (то есть самодержавного правителя) территорий, которые ему предстояло завоевать у неверных в будущем (но не тех территорий, которыми рыцари Христа уже владели к тому времени, милостью короля). Преемник короля Эдуарду (Эдуарда) I, Аффонсу (Альфонс) V (1438–1481), расширил права ордена Христа, уступив ему королевскую прерогативу назначать епископов во владениях ордена, а папа римский Каликст III Борджа (1455–1458), подтвердив эту королевскую привилегию своей буллой, наделил орден Христа духовной судебной властью в землях, подвластных рыцарям Христа, с дозволением награждать отличившихся соответственно принесенной пользе. В 1460 г. – год смерти принца-«коменданта» Энрике Навигатора – король Португалии Аффонсу V даровал рыцарям Христа право на 5-процентный сбор со всех товаров, поступающих из новых африканских земель.
Во время управления домом Энрике орден Христа был в 1449 г. в очередной раз реформирован Жуаном, епископом Ламего. После смерти Энрике Навигатора, «комендантом» ордена Христа стал племянник и приемный сын Мореплавателя – принц Фернанду (сын короля Эдуарду I), умерший в 1470 г. В 1484 г. 11-м «комендантом» ордена Христа был назначен дом Мануэл ди Браганса, герцог Бежи, ставший через 11 лет, после смерти своего кузена и сводного брата короля Жуана (Иоанна) II (1481–1495), королем Португалии под именем Мануэла I (1495–1521).
Король Испании убедил папский престол передать орден Христа под «вечное управление» короля Португалии и его преемников. Дом Мануэл (Иммануил) I был окончательно признан Великим Магистром ордена Христа буллой папы римского Льва Х «Constante fide» от 30 июля 1516 г. Однако его сын, король Жуан III, не получил эту должность автоматически, «по наследству», а был утвержден в качестве управляющего согласно бреве (кратким посланием) папы римского Адриана VI «Eximiae devotionis» от 14 апреля 1523 г. И лишь в 1551 г., после смерти принца Жоржи (Георгия), герцога Коимбры, внебрачного сына короля Жуана III, Магистра португальских рыцарских орденов Сан Бенто ди Авис и Св. Иакова, папа Юлиан III, в правление короля Португалии Жуана III, уступил навечно титул Великого Магистра всех рыцарских орденов Португалии, включая орден Христа, португальскому монарху. В результате объединения титула короля Португалии с должностью Великого Магистра ордена Христа произошло преображение этого ордена из магистерского (духовно-рыцарского) в коронный (династический). Некоторые историки считают, что именно это обстоятельство фактически привело к разделению ордена Христа на две ветви Воинства Господа нашего Иисуса Христа, папскую и португальскую, имеющие очень разные возможности и обязанности.
После того как орден Христа разделился на две ветви – португальскую и чисто папскую, – португальская ветвь постепенно утратила характер духовного (монашеского) ордена и стала династическим орденом португальской короны. Дело в том, что орден Христа, сыгравший в свое время столь заметную роль в военных успехах португальских королей в борьбе с пиренейскими маврами и заморскими мусульманами, со временем настолько усилился, что королевская власть была вынуждена принять меры к ограничению его самостоятельности и к началу XVI века добилась подчинения ордена непосредственно королю. После этого папа римский Александр VI Борджа освободил рыцарей Христа от монашеских обетов нестяжания (бедности) и целомудрия (безбрачия), чем и подготовил окончательную секуляризацию ордена Христа (то есть превращение последнего в чисто светское учреждение), состоявшуюся в 1789 г., и конфискацию его владений в пользу государства, последовавшую в 1834 г.
В период подчинения Португалии испанской короне (1581–1610) правила приема в орден Христа (которому оказывал особое покровительство король Испании Филипп II Габсбург) были значительно упрощены. В него мог вступить любой дворянин (исп.: идальго, португ.: фидалгу), отбывший в течение двух лет военную службу в Африке или прослуживший три года на флоте.
Превратившись в династический орден португальской короны, он получил название Кородевский орден рыцарей Господа нашего Иисуса Христа (португ.: Real Ordem dos Cavaleiros des Nossо Senhor Jesus Christo).
В период существования Бразильской империи (императорами которой являлись отпрыски португальской королевской династии Браганса), с 1822 по 1890 г. существовал бразильский орден Христа, независимый от португальского.