В таких условиях война с Японией, за тысячи километров от основных районов мобилизации, военных складов и заводов, выглядела авантюрой. Задуманная как «небольшая войнишка», призванная отвлечь внимание общества от внутренних проблем, эта война превратилась в затяжную и кровопролитную, в которой Россия терпела одно поражение за другим.
Русско-японская война стала серьезным испытанием и для военно-окружной системы. Несмотря на то что группировка русских войск на Дальнем Востоке в начале XX в. непрерывно наращивала силы Приамурского округа, это оказалось совершенно недостаточно для оказания адекватного сопротивления японской армии. Потребовались значительные переброски войск из европейских округов. Спешка и волюнтаризм главнокомандующего Маньчжурской армией А.Н. Куропаткина привели к тому, что войска и запасы брались в центральных округах бессистемно.
Должным образом в годы Русско-японской войны проявили себя лишь штаб и войска Приамурского военного округа, прикрывавшие Владивосток и действовавшие отдельными отрядами на территории Кореи. Однако следует учесть, что округ не подвергся серьезным боевым испытаниям.
После окончания Русско-японской войны Россия вынуждена была содержать в составе Приамурского округа значительно большее количество войск, чем до войны, поскольку угроза дальнейшей агрессии Японии, вдохновленной успехом, сохранялась. Для более эффективного управления войсками Сибирский округ был разделен на Омский и Иркутский.
Итогом Русско-японской войны стали не только военное поражение и навязанный России невыгодный Портсмутский мир, но и невиданное доселе ослабление боеспособности западных военных округов. Можно с уверенностью утверждать, что русская армия не оправилась от ее последствий до самого начала Первой мировой войны, и это не замедлило сказаться на боевых успехах русских войск.
Между тем угроза общеевропейской войны становилась все реальнее. Требовались радикальные меры для быстрого восстановления и приумножения военной мощи страны. Десятилетие, отделившее Русско-японскую войну от Первой мировой, прошло в лихорадочных усилиях по реформированию армии и флота, перевооружению и пополнению израсходованных боеприпасов.
Была проведена реорганизация высших органов военного управления, хотя единого взгляда на ее содержание, а главное, твердой линии в преобразовании в целом военного ведомства не было выработано. Так, в 1905 г. Военное министерство было фактически разделено на несколько независимых органов – Совет государственной обороны, собственно Военное министерство, Главное управление Генерального штаба, Главный штаб и управления генерал-инспекторов. Правовое положение командующих войсками округов стало в таких условиях весьма неопределенным. Уже через несколько лет восторжествовала прямо противоположная тенденция – сосредоточение единоличной власти в руках военного министра.
Военный министр А.Ф. Редигер многое сделал для омоложения высшего командного состава, показавшего в значительной своей части профессиональную непригодность в годы Русско-японской войны. Он же повел борьбу со своеобразным местничеством, укоренившимся во многих военных округах, когда командующие их войсками стали считать себя полновластными хозяевами регионов и не подчинялись никому, кроме царя.
Велась напряженная работа по планированию мобилизации и стратегического развертывания русской армии. В связи с тем, что даже в западных губерниях Российская империя не имела плотной сети железных и шоссейных дорог, она заметно уступала в быстроте сосредоточения войск в исходных районах. В этих условиях первостепенное значение приобретало более рациональное распределение воинских частей и соединений по округам в мирное время, а также их состав и степень укомплектованности личным составом. В начале 1910-х гг. возобладала точка зрения о необходимости передислокации значительной части войск к местам их мобилизации во внутренние округа, прежде всего Московский и Казанский. Эта мера ускоряла проведение мобилизации, однако замедляла переброску войск к западным границам империи и их сосредоточение, более того, она ставила русскую армию в крайне невыгодное положение с началом войны. Начавшаяся передислокация войск была приостановлена, и российское военное и политическое руководство вернулось к совершенствованию прежних планов действий против континентальных держав. Одновременно была изменена система комплектования европейских округов и Казанского округа: они переводились на территориальную систему комплектования и делились на полковые, дивизионные и корпусные районы.
Штабы западных округов принимали самое активное участие в разработке планов развертывания армии и начала войны. В практику вошли ежегодные январские совещания, в которых принимали участие руководящие чины Военного министерства, ГУГШ и начальники штабов округов, обсуждавшие доклад военного министра, предварительно согласованный им с царем.