Эрцгерцог Карл торопился к Вене, рассчитывая если не предупредить занятием столицы, то хотя броситься у Кремса в тыл армии Наполеона, но генерал Шустек, оставленный охранять мост у Кремса, узнав о движении Даву на Мельк и Кремс, 10 мая сжег мост. Эрцгерцог Карл спустился по левому берегу Дуная и 16 мая соединился с войсками Гиллера в виду Вены на Бизамбергских высотах.
Сражение при Асперне и Эсслингене.
Заняв Вену и не достигнув этим мира, Наполеон должен был торопиться воспользоваться впечатлением одержанных успехов и не дать австрийцам сосредоточиться и усилиться. Для этого необходимо было переправиться через Дунай поблизости Вены и атаковать эрцгерцога Карла. Неудача, испытанная у Нусдорфа вследствие неуместной запальчивости начальника десанта, высаженного на остров Шварцелаке, заставила Наполеона избрать для переправы пункт ниже Вены, у острова Лобау.Мосты из разнообразных судов, захваченных кавалерией, оказались непрочными, а между тем в Дунае вода поднялась на 2 сажени выше обыкновенного уровня. Мосты поминутно разрывались, переправа шла медленно.
В течение ночи неравенство в силах изменилось: к утру 22 мая Наполеон успел переправить 80 000 человек; к ним должны были вскоре прибыть еще подкрепления, между тем как огромные потери австрийской армии уменьшили ее числительность до 70 000 человек.
Теперь на Ланна был возложен прорыв центра австрийской армии в промежутке между Асперном и Эсслингеном, для чего двинуты три дивизии пехоты с огромною артиллерией, за ними кавалерия, гвардия и дивизия Демона. Атака эта имела уже успех, когда Наполеон вдруг приказал остановить дальнейшее наступление; мосты были разорваны спущенными австрийцами тяжелыми плавучими телами, и восстановить их было нечем. Корпус Даву и парки остались за Дунаем, а между тем чувствовался в войсках недостаток боевых припасов.
Французы отступили на линию Асперна и Эсслингена, отбивая атаки австрийцев и неся сами страшные потери от артиллерии, которая пронизывала их скученное расположение на пространстве 3 верст. Ночью войска отступили, понеся страшные потери – около 55 000 убитыми и ранеными за оба дня; потери австрийцев были около 23 000 человек.
Подготовка ко второй переправе через Дунай.
Отступивший на остров Лобау Наполеон занялся пополнением армии, для чего призвал маршевые батальоны из Франции и подтянул к Вене войска так, чтобы под рукою были корпус Бернадотта, сильная баварская дивизия и итальянская армия, отбросившая в Венгрию и разбившая при Раабе армию эрцгерцога Иоанна, а также придвинул и далматскую армию Мармона.Всего в тылу насчитывалось около 26 000 человек.
Остров Лобау соединен с правым берегом Дуная двумя мостами: одним на судах и другим на сваях. Наполеон мог смело сказать: «Нет больше Дуная!» Мосты были прикрыты предмостными укреплениями, и сам остров был превращен в обширный укрепленный лагерь, вооруженный батареями осадных орудий.
Пункт новой переправы выбран в обход австрийских укрепленных линий, к востоку против Энцерсдорфа. Заготовлены были мосты и паромы для быстрой переправы войск на левый берег.
Эрцгерцог Карл тоже принимал меры к усилению своей армии, он притянул от Линца к Бизамбергу корпус Колловрата, а 2 июня приказал эрцгерцогу Иоанну двинуться из Керменда к Пресбургу, чтобы приблизиться к месту предстоящей борьбы. Эрцгерцог Иоанн, разбитый при Раабе, 15 июня в Коморне перешел на левый берег Дуная и двинулся к Пресбургу. 22-го крепость Рааб сдалась вице-королю Евгению.
30 июня все приготовления были окончены и Наполеон решился переправиться на левый берег Дуная. Вице-король Евгений получил приказание из Рааба идти на Швехат; тоже приказано и Мармону, который был на Верхнем Раабе, у Глейсдорфа 1 июня он прибыл в Швехат, где присоединил к себе дивизию Брусье.
Сражение под Ваграмом 5 и 6 июля 1809 г.
Для отвлечения внимания австрийцев на пункте прежней переправы 30 июня был переправлен снова отряд и наведен мост, прикрытый предмостным укреплением; к Лобау и на острове было сосредоточено около 180 000 войск.