В либретто «Волшебной флейты» соединилось действие различных источников: литературных («Джаннистан» и «Оберон» К. М. Виланда, «Тамос, король Египта» Т. Ф. Геблера), театральных (сказочно-феерические спектакли, в частности «Лулу, или Волшебная флейта» Виланда), а также масонской символики (Шиканедер, как и Моцарт, был масоном). Все здесь у Шиканедера свободно смешалось вне следования каким-либо традициям признанных театральных жанров. И если б не музыка Моцарта, вряд ли кто-нибудь впоследствии вспоминал об этой затее Шиканедера. Моцарт возвысился над его текстом и создал поэтическую оперу-сказку, философскую — и мудро-наивную, реалистическую — и волшебную, возвышенную — и буффонную в духе народного театра. Моцарт очень любил свою «Волшебную флейту» и, будучи смертельно больным, мысленно следил за ее представлением.
Премьера состоялась 30 сентября 1791 года под управлением Моцарта. Э. Шиканедер исполнял партию первого жреца, его сын — партию Папагено. В спектакле участвовали: А. Готлиб (Памина), Й. Хофер (Царица ночи), Гёрль (Папа-гена), Б. Шак (Тамино). Ф. Гёрль (Зарастро). Нусёйль (Моностатос). Успех был необычайный. В октябре прошли 24 спектакля.
Последним законченным произведением Моцарта была «Маленькая масонская кантата» (на слова Э. Шиканедера), написанная 15 ноября 1791 года, то есть совсем незадолго до кончины. Но и после кантаты он еще работал над Реквиемом, который уже не успел закончить. Предложение написать Реквием было сделано Моцарту в июле 1791 года. Занятый «Волшебной флейтой», он только начал новую работу — и вскоре вынужден был писать оперу «Милосердие Тита» и находиться в Праге в связи с ее постановкой. И только после премьеры «Волшебной флейты» он мог вернуться к Реквиему. Заказчик странным образом скрыл свое имя. Это произвело на Моцарта тяжелое впечатление таинственности. Продолжая работу над Реквиемом, уже смертельно больной, он говорил, что, вероятно, пишет Реквием для самого себя. В действительности же заказчиком оказался некий граф Вальзегг, который был намерен купить рукопись у композитора и беззастенчиво выдать произведение за свое. Не законченная Моцартом партитура была завершена его учеником Ф. Кс. Зюсмайром, который близко наблюдал процесс сочинения Реквиема.
Моцарт умер в ночь с 4 на 5 декабря 1791 года, не достигнув тридцати шести лет. Болезнь его была определена венскими медиками, как ревматически-воспалительная лихорадка. В наше время исследователи склоняются к мнению, что обострение ревматизма было связано и с острой недостаточностью сердечной деятельности. Начиная с детских лет Моцарт перенес много заболеваний, так или иначе сказавшихся на состоянии сердца. Необычайно напряженная творческая жизнь, полная волнений и трудностей, также утомила его сердце. Высказываются убедительные предположения о том, что у Моцарта был гипертиреоз (повышенная деятельность щитовидной железы), видимо, тяжело отразившийся на работе сердца. Сильнейшее переутомление последних месяцев жизни, несомненно, сыграло свою роковую роль. Возможно, медицина XVIII века еще не улавливала особенности таких болезней, как инфекционный ревмокардит или эндокардит.
Моцарта похоронили в обшей могиле. Даже место ее долгое время оставалось неизвестным. Лишь в наши дни исследователям удалось установить примерные пределы ее нахождения на кладбище.
Центральные оперы Моцарта были созданы на протяжении одного десятилетия. И на пути к ним, и в годы их создания композитор не придерживался единого их типа, не стремился к одной какой-либо жанровой разновидности. Тем не менее их многообразие подчинено определенным творческим принципам, не только допускающим, но и требующим гибкого, свободного понимания сложившихся оперных жанров. Моцарт мог после «Свадьбы Фигаро» и «Дон-Жуана» написать