Главное значение в инструментальном творчестве Баха принадлежит его сочинениям для клавира и органа. Клавир в гораздо большей степени, чем орган, был для Баха домашним, рабочим и учебным инструментом. На клавире естественно было культивировать не только серьезные крупные жанры, но и менее сложные бытовые (сюита, шуточные программные пьески), а также сочинять в расчете на него пьесы учебного назначения. Бах пользовался разновидностями клавира: сильным по звучности клавесином с несколькими мануалами (для концертов и аккомпанемента в оркестре) и небольшим клавикордом (для домашних занятий). В сравнении с обычным в то время клавирным репертуаром (домашним, салонно-концертным) Бах широко раздвинул его рамки, обновил и обогатил его, предъявляя к инструменту не только многосторонние, но сплошь и рядом предельные для того времени художественные требования. Его Хроматическая фантазия подготовлена скорее органными, чем клавирными, традициями, тогда как танцы в сюитах по преимуществу связаны с чисто клавирным наследием. Казалось бы, форма фуги в равной мере разрабатывалась Бахом (и его предшественниками) и на органе, и на клавире. Однако при многих общих тенденциях у органных фуг со своей стороны и клавирных со своей есть и характерные особенности: клавирные фуги компактнее, короче, центростремительнее, более камерны; органные — шире, свободнее, масштабнее, в более крупных линиях, с характерной пассажной техникой большого плана. Известно, что Бах отличался особым мастерством регистровки на органе: масштабы органных фуг, предоставляя для этого широкие возможности, требовали подобной смены красок. В клавирных же произведениях шла более тонкая отделка мелодических линий, деталей, частностей голосоведения в расчете и на специфику иного звучания, и на большую сжатость, собранность формы в целом.
Клавирная музыка Баха дает целую шкалу движения от простого к сложному — в смысле формы, типа изложения, требований к исполнителю: от маленьких прелюдий, двух- и трехголосных инвенций к Французским и Английским сюитам, от сюит и партит к концертам, к циклам «Wohltemperiertes Klavier», к фантазиям с фугами, к замыслу «Kunst der Fuge». Различие масштабов и степеней сложности связано, разумеется, и с различным образным содержанием пьес, но они всегда
На первое место среди клавирных сочинений Баха нужно поставить прелюдии (фантазии)-фуги — высшее выражение его полифонического письма в музыке для клавира. Это единство двух пьес, своего рода «малый цикл», подготовлялось издавна в практике свободного прелюдирования на органе (или клавире) как введение (прелюдия, преамбула) в следующую дальше фугу. Элементы подобного сопоставления есть и в крупных импровизационно-полифонических формах — органных токкатах и фантазиях (например, у Букстехуде), где пассажно- или импровизационно-прелюдийные фрагменты соседствуют с имитационными эпизодами. В творчестве Баха сложилась, как известно, классическая фуга. Она обычно следовала за прелюдией (или фантазией), теперь уже записанной композитором в качестве развитой и завершенной пьесы определенного характера.
Благодаря иному методу изложения и развертывания формы, прелюдия оттеняла фугу, подчеркивала ее специфичность. В прелюдии чаще всего не было заявленной темы и движение шло волнами как бы центробежно от начала к концу, будучи выдержанным в единой фактуре и построенным на основе одной, двух, трех фраз или тематических ячеек. Возникал единый образ, раскрываемый в потоке движения, без резких градаций внутри формы, без функционального выделения ее разделов. Это длящееся, «текучее» становление образа можно уподобить отражению в реке. В противоположность подобному методу фуга сосредоточивает внимание на теме как зерне образа, многократно ее проводит, продвигаясь вперед по ладотональному плану, и устанавливает градации внутри целого, отделяя функции проведений и функции интермедий. Образ также возникает единый, но более четко очерченный, как бы охваченный объемно, с разных сторон. Нужно оговориться, что речь идет о типичных, явно преобладающих случаях. Встречаются фугетты и даже фуги в пределах прелюдии (прелюдия Es-dur в I томе «Х.Т.К.»); иногда движение в прелюдии идет на основе не одно-характерных фраз, а более сложных, внутренне разнородных исходных элементов.