Роль органа в творческой деятельности Баха была даже более велика, чем можно представить по его произведениям для этого инструмента. Именно как органист он был в первую очередь доступен современникам, как органист имел возможность относительно широко представлять свое искусство композитора, виртуоза, импровизатора. Через орган пришла к нему известность. Пути органной музыки, с ее исконно полифоническими формами и опорой на протестантский хорал, имели значение не только для собственно органных сочинений Баха, но и для клавирных и для вокальных (в исполнении которых, кроме всего прочего, участвовал орган). Органный стиль в некоторой мере наложил свой отпечаток и на инструментальное мышление композитора вообще, хотя отнюдь не ограничил и не связал его. Вполне возможно, что не все баховские сочинения для органа дошли до нас. Композитор издал только ряд хоральных обработок и прелюдию с фугой Es-dur, включив их в третью часть «Klavierübung» (1739). Известно, что Вильгельм Фридеман крайне небрежно относился к рукописям отца, а поскольку старший сын Баха был органистом, он мог как раз владеть автографами органных сочинений, судьба которых затем осталась совершенно неясной. Не записаны, надо полагать, многочисленные импровизации Баха на органе. В итоге общее количество его произведений для органа не столь уж велико, как можно ожидать: их значительно меньше, чем клавирных. И все же они в совокупности дают достаточно полное и широкое представление об органном творчестве Баха.
Главное место среди его органных сочинений занимают прелюдии (фантазии, токкаты)-фуги как крупные формы и обработки хоралов как преимущественно мелкие формы. В числе ранних фуг Баха две написаны на заимствованные темы — Дж. Легренци (№ 574) и А. Корелли (№579). Зрелые фуги для органа приобретают весьма определенный отличающий их облик: если среди клавирных фуг существует множество разновидностей, то органные более ограничены собственным кругом образов и системой композиционных приемов. При этом органные произведения не противостоят клавирным (аналогии здесь возможны), а только избирательно соприкасаются с ними — не более, чем с некоторыми их разновидностями. Общие масштабы «малого цикла» (прелюдия-фуга, фантазия-фуга, токката-фуга) на органе крупнее, чем на клавире, — и соответственно крупнее могут быть то те, то другие разделы композиции. Из двадцати пяти циклов большинство (восемнадцать) начинается прелюдиями, но в зрелых и поздних образцах они достигают широты и монументальности, редкой в клавирных прелюдиях. В четырех случаях на месте прелюдии стоит фантазия, в трех — токката.
Циклы токката-фуга по самому замыслу носят более эффектный, концертный характер. Так, подвижная токката перед фугой F-dur (№ 540) содержит 438 тактов. Однако блестящей и виртуозной токкате Бах противопоставляет монументальную фугу строгого характера, по складу близкую хоровому письму a cappella: именно таковы, кроме упомянутого выше цикла, токката и фуга d-moll (№ 538). Впрочем, принцип дополняющего контраста далеко не всегда проявляется в органных циклах с такой остротой. Скорее объединены, чем противопоставлены, «пассажные» прелюдия и фуга a-moll (№ 543); более сложно объединены — и противопоставлены — прелюдия и фуга e-moll (№ 548).