Что касается фуг, то среди зрелых произведений Баха для органа преобладает два их типа: широкие и блестящие пассажные (D-dur № 532, a-moll № 543, d-moll внутри токкаты № 565), полные энергии и светлой силы; плавные, сдержанные, веские в каждом звуке, неспешно развертывающиеся, словно в мотет-ном стиле (f-moll № 534, A-dur № 536, d-moll № 538, c-moll № 546). И те и другие не содержат в своем тематизме особой интонационной детализации, черт декламационности, «говорящих» пауз: их линии крупнее, проще, «объективнее», чем в большинстве фуг из «Хорошо темперированного клавира». Форма целого соответственно более развернута, достигая в своем объеме сплошь и рядом более 130 тактов, а в одном случае — более 230. Чаще всего в органных фугах особенно широки экспозиционные разделы (таковы, в частности, экспозиция и контрэкспозиция в фуге d-moll № 538), то есть выражено стремление поначалу долго пребывать в основной тональности (см. также фуги c-moll № 546 и C-dur № 545). Для пассажных фуг характерны большие интермедии, естественно развивающиеся из моторных свойств темы. Однако средняя часть при этом может быть и более развернутой в ладотональном плане (фуга D-dur), и более сжатой, с немногими проведениями темы (фуга a-moll). Да и в остальном каждое произведение всегда индивидуально. Спокойная в своей мерно восходящей теме фуга d-moll (№ 538) выделяется среди других обилием стретт в средней части и репризе. Гигантская фуга e-moll (№ 548), с ярко характерной темой, крупными разделами и широким тональным планом, в изобилии содержит свободные пассажные фрагменты, как бы прерывающие общий ход изложения. Выступают ли они в свободно понимаемой функции интермедий или являются признаками связи со старинными органными формами, сказать трудно: скорее всего и то и другое — Бах и старое сумел истолковать по-новому.
Многие особенности больших фуг как «пассажного», так и «хорового» склада, несомненно, связаны с художественными возможностями органа — с подчеркиванием крупных частей формы различной регистровкой, с предпочтением динамически протяженных звуковых «террас» быстрой смене характера звучания или тонкой интонационной фразировке.
На особое место по отступлению от этих двух преобладающих типов органных фуг следует выделить среди некоторых других прекрасную фугу g-moll (№ 542), самый тематизм которой более сложен интонационно и отчасти сближается с характерными у Баха «мелодиями страданий» в духовных кантатах и «страстях». Последнее тем более примечательно, что первоисточник баховской темы обнаружен в мелодии голландской песни-танца. Однако Бах так утончил и «повернул» эту мелодию, что она приобрела индивидуально характерный для него облик
Предваряется фуга скорбно-страстной фантазией в импровизационно-патетическом стиле.
Этот стиль богато развит композитором на органе как в данной фантазии, в прелюдии h-moll (№ 544), токкате d-moll (№ 565), так и в ряде хоральных обработок. Однако он связан здесь по преимуществу с особым кругом образов: для органа естественнее и легче (чем, например, для клавесина) передавать образы величавые, воплощая их с большим размахом, и силой внушения. Достаточно назвать прославленную токкату d-moll — ее островпечатляющее импозантное начало, исполненное драматического пафоса и смелых контрастов, динамичную моторную фугу, внутрь которой вторгается импровизационное начало, и пышную виртуозную коду. Величие, сила и порой особое напряжение чувств характеризуют поздние органные циклы Баха, словно это образное содержание сгущено и акцентировано в их монументальных формах. Таковы прелюдия и фуга c-moll (№ 546), строгие, торжественные, широко развернутые: прелюдия с чертами крепкого и сдержанного драматизма, фуга скорее спокойного «хорового» склада, если б не интонационное обострение, наступающее уже в самой теме (увеличенная секунда на расстоянии) и вносящее горестный тон, незабываемый в дальнейшем. Необычайная широта отличает прелюдию и фугу Es-dur (№ 552), опубликованные в третьей части «Klavierübung». В прелюдии много величия, как в торжественной увертюре. Тройная фуга состоит из трех разделов, каждый из которых является следующей ступенью полифонического развития (к первой теме поочередно присоединяются вторая, затем третья), вариационного преобразования и динамизации (путем размельчения длительностей). Наиболее сильное, хотя суровое в своем величии, впечатление производят прелюдия и фуга e-moll (№ 548). Большая прелюдия (137 тактов) звучит мощно, патетически, с острыми акцентами (синкопы в мелодии). Огромная фуга (251 такт) проникнута беспокойно-напряженным движением хроматически «раскручивающейся» наподобие спирали темы, не отступающей перед вновь и вновь вторгающимися импровизационными интермедиями