Поэтому антагонизм зародился в первую очередь и разгорелся всего Яростней именно среди реформаторов-протестантов, что нетрудно объяснить: гипотеза Коперника противоречила тем местам в Священном Писании, где говорилось о неподвижности Земли. Писание оставалось единственным незыблемым авторитетом протестантов, и подвергать откровение испытанию человеческой наукой — это и было той отдающей эллинским духом интеллектуальной дерзостью и ухищрением софистики, к которой реформаторы питали наибольшую ненависть. Потому-то протестанты столь живо почувствовали прозвучавшую в коперниковской астрономии угрозу и поспешили заклеймить нечестивое учение. Еще до выхода "De revolutionibus" в свет Лютер назвал Коперника выскочкой-астрологом, который по глупости тщится перевернуть всю астрономическую науку, впадая в вопиющее противоречие со Священной Библией. К Лютеру вскоре присоединились другие реформаторы — такие, как Меланхтон и Кальвин, иные из которых предлагали принять суровые меры для искоренения столь пагубной ереси. Кальвин, приводя место из Псалмов "потому тверда вселенная, не поколеблется", вопрошал: "Кто осмелится поставить авторитет Коперника выше авторитета Святого Духа?" Когда Ретик привез рукопись Коперника в Нюрнберг с целью ее опубликовать, резкий отпор реформаторов вынудил его покинуть город. Даже в Лейпциге, где он оставил рукопись у протестанта Осиандера, тот предпослал ей — без ведома Коперника — анонимное предисловие, в котором утверждалось, будто гелиоцентрическая теория — всего лишь условный вычислительный метод, ее не следует воспринимать всерьез как реалистичное объяснение небес.
Такая уловка, возможно, и спасла бы публикацию, но книга Коперника в действительности была очень серьезна, что и обнаруживалось при внимательном чтении текста. И уже ко времени Галилея, к началу XVII века, католическая церковь была вынуждена встать в решительную оппозицию по отношению к теории Коперника, причем осознав теперь заново всю необходимость догматической ортодоксальности. И если несколькими веками раньше Аквинат или отцы Церкви еще вполне могли толковать некоторые спорные места Писания метафорически, сводя на нет явные противоречия с наукой, — то подчеркнутый буквализм Лютера и его последователей породил сходное отношение и внутри католической церкви. И ныне обе несогласные стороны вознамерились грудью встать на защиту библейской твердыни, отметая прочь малейшие покушения на святое откровение.
Кроме того, по причине чистой ассоциации на репутацию теории Коперника вскоре пала тень виновности в связи с именем Джордано Бруно — философа-неоплатоника, мистика и астронома. Вначале Бруно широко пропагандировал версию гелиоцентрической теории, входящую как составная часть в его эзотерическую философию, был обвинен в ереси и после восьмилетнего пребывания в тюрьме был сожжен на костре Инквизицией. Его утверждения о том, что должно следовать больше нравственным проповедям Библии, чем ее астрономии, а также о том, что все религии и философии должны сосуществовать в терпимости и взаимопонимании, не встретили особого понимания у Инквизиции. В накаленной атмосфере Контрреформации вольнодумные воззрения, мягко говоря, не приветствовались: в случае же Бруно, чей характер был столь же несгибаем, как идеи неортодоксальны, разразился настоящий скандал. Разумеется, тот факт, что человек, имевший еретические взгляды на Троицу и другие жизненно важные богословские идеи, проповедовал к тому же еще и коперниковскую теорию, говорил не в пользу последней. После того как в 1600 году Бруно был публично казнен (правда, не за свое гелиоцентрическое учение), теория Коперника стала еще более опасной как в глазах религиозных властей, так и в глазах астрономов-философов, хотя у них на то были совсем разные причины.