Однако гелиоцентрическая теория не только расходилась с некоторыми библейскими текстами. Теперь стало совершенно ясно, что Коперниково учение представляет серьезную угрозу всем христианским основам космологии, теологии и нравственности. С тех пор как схоластики и Данте приветствовали греческую науку, придав ей религиозный смысл, христианское мировоззрение стало уже неотторжимо от аристотелевско-птолемеевой геоцентрической вселенной. Существенное разделение между царствами небесным и земным, вращающиеся планетные сферы с ангельскими воинствами, возвышающийся надо всем престол Господа в эмпирее, нравственная драма человеческой жизни, балансирующей в некоей срединной точке меж духовными небесами и телесной Землей, — все это теория Коперника либо ставила под сомнение, либо напрочь отметала. Даже если обойти вниманием тщательно разработанную средневековьем всеобъемлющую картину мироздания, все равно оказывалось, что данное астрономическое новшество оспаривало самые основополагающие принципы христианской религии. Если Земля действительно движется, тогда не существует больше никакого неподвижного центра Творения Божьего и никакого плана его спасения. Перестает и человек быть средоточием Космоса. Абсолютная исключительность и значимость вмешательства в человеческую историю Христа, как представлялось, требовала соответствующей исключительности и значимости Земли. Казалось, на карту поставлен смысл самого Искупления — центрального события не только человеческой, но и вселенской истории. Учение Коперника практически оказалось приравнено к безбожию. В глазах папских советников сочинение Галилея "Диалог о двух главнейших мировых системах" (уже получившее одобрение и поддержку по всей Европе) представляло для христианских умов гораздо большую опасность, чем "Лютер и Кальвин, вместе взятые".
Когда религия и наука пришли к столь явным разногласиям, церковная иерархия сделала все, чтобы одержать верх. Осознав опасность коперниковской астрономии для теологии, католическая церковь, наученная горьким опытом длившихся десятилетиями ересей и борьбой с Реформацией, вновь прибегла к догматической нетерпимости, чтобы подавить гелиоцентрическую теорию, и осудила ее в недвусмысленных выражениях. "De revolutionibus" и "Диалог" попали в "черный список" запрещенных книг; Галилея подвергли допросам Инквизиции, принудили к отречению от своих открытий, подтверждавших "коперниканские заблуждения", и посадили под домашний арест; виднейшие католики — приверженцы Коперника были уволены со своих должностей и изгнаны; на все учения и сочинения, поддерживающие идею движения Земли, был наложен запрет. Так с появлением теории Коперника разверзлась пропасть между разумом и верой, давно намечавшаяся глубокой трещиной в твердыне католицизма.