Согласно Эриугене, противоречий между философией и религией не существует, ибо истинная философия — это и есть истинная религия. И наоборот, истинная религия есть истинная философия. Между разумом и верой, разумом и авторитетом как источником веры и откровения не существует противоречия. Более того, любой авторитет должен быть разумным, поэтому любой авторитет рождается от разума, но не наоборот. Поэтому божественное откровение должно быть разумным. Священное Писание тоже поддается разумному толкованию и возбуждает работу человеческого разума. Задача философа и богослова состоит в правильном понимании того, что написано в Священном Писании. Философ должен восходить при этом к общим понятиям, разделять роды и виды, видеть решающую роль общих понятий в познании, поскольку в любом познании чувственного мира надо понимать, что общее существует прежде единичного. Общее более реально, чем единичное, индивидуальное. Эта концепция, восходящая к Платону, получила в Средневековье наименование «реализм». Реализм — это концепция, считающая реально существующими общие понятия, т. е. платоновские идеи, а материальные конкретные тела обладают реальностью лишь в той степени, в какой они причастны к общему, сами же по себе они существовать не могут.
Все существующее Эриугена называет природой, а поскольку Бог существует, то и Бог есть природа. Бог есть все во всем, он сущность всего, поэтому в любой сотворенной им вещи Бог присутствует во всей своей полноте.
Бог творит мир, но творит не в однократном акте, а в некоем вневременном созидании, которое Эриугена описывает в виде четырех этапов, четырех ступеней. Это и есть четыре природы.
Природа несотворенная и творящая — это Бог как причина всего. Только Бог творит, Сам будучи несотворенным. Бог творит Ум, божественные идеи, существующие в Логосе, Сыне Божием, которые являются посредниками между Богом и миром, — это и есть природа сотворенная и творящая. Рождение Сына не предшествует во времени сотворению в Нем идей. Они совечны Ему, но все же отличаются от Него, как отличается тварь от Творца. Создание неба или, скорее, создание света, о чем говорится в первой главе книги Бытие, и есть создание творческих идей в Сыне. Сами по себе идеи непознаваемы и для людей, и для ангелов. Познавать их можно только в конечном мире, в теофаниях. Следуя Дионисию Ареопагиту, Эриугена ограничивается указанием 15 идей: благость, сущность, жизнь, разум, интеллигенция, мудрость, сила, блаженство, истина, вечность, величие, любовь, мир, единство, совершенство.
Для Бога существуют только эти идеи, уже в них Он мыслит конечный мир. Но сам мир есть дальнейшее раскрытие божественных идей. Это природа сотворенная и нетворящая, имеющая источник творения вне себя.
На четвертом этапе Бог возвращается Сам к Себе как цели всего существующего. Теперь Он природа несотворенная и нетворящая. Бог есть природа несотворенная: сотворив мир, Он достигает цели Своего творения и поэтому уже не творит.
Бог присутствует во всех природах, Он выше всех форм и всех понятий. Эриугена, как и Дионисий Ареопагит, исповедует и апофатическое, и катафатическое богословие. Он пишет, что о Боге можно утверждать не в собственном, а в переносном смысле, и отрицать не в переносном, а в собственном смысле. Для человека, как для твари, Он беспределен, но для Себя Бог имеет предел. Для человека, и даже для ангелов, Бог непознаваем, сам же Себя Бог познаёт.
Человек может познать Бога лишь через Его проявления в бытии вещей. Наблюдая движение вещей, мы постигаем божественную жизнь, наблюдая порядок тварного мира, мы постигаем божественную мудрость и т. д. Человек может эти идеи познавать, поскольку они проявляются в мире. Материальные тела сводятся к их интеллектуальным характеристикам, поэтому материальность тел кажущаяся (вспоминаем реализм Эриугены). Каждое тело может быть описано его величиной, формой, положением, весом, плотностью, цветом и т. д., т. е. каждая индивидуальная вещь может быть описана качественными, количественными и другими реальными характеристиками. Поэтому материальность тела призрачна. Реально существуют лишь идеи.