Во время соперничества Фридриха с императором Оттоном впервые стали употребляться клички «гвельф» и «гибеллин». Они являются искажением фамильных имен двух соперников – «Вельф» и «Вейблинген». (Кстати, племянник Оттона приходится предком правящему британскому королевскому роду.)
Иннокентий III умер в 1216 году. Оттон, потерпевший поражение от Фридриха, умер в 1218 году. Новый папа Гонорий III на первых порах поддерживал с Фридрихом хорошие отношения, но вскоре между ними возникли разногласия. Прежде всего Фридрих отказался отправиться в крестовый поход; затем у него начались нелады с ломбардскими городами, которые в 1226 году заключили между собой наступательный и оборонительный союз сроком на 25 лет. Ломбардские города питали к немцам чувство ненависти; один из их поэтов сочинил пламенные стихи, направленные против немцев: «Не любите немцев; подальше, подальше от этих сумасшедших псов». Стихи эти, по-видимому, выражали чувства всей Ломбардии. Фридрих хотел задержаться в Италии, чтобы разделаться с городами, но в 1227 году Гонорий III умер и преемником его стал Григорий IX, пылкий аскет, питавший чувство любви к св. Франциску, который платил ему взаимной любовью. (Через два года после смерти св. Франциска Григорий причислил его к лику святых.) На первом плане у Григория стоял крестовый поход, и за отказ участвовать в нем он отлучил Фридриха от церкви. Фридрих, женатый на дочери и наследнице иерусалимского короля, был вовсе не против отправиться в крестовый поход, если бы это позволили ему дела; он называл сам себя иерусалимским королем. В 1228 году, еще будучи отлучен от церкви, Фридрих и впрямь отправился на Восток; это разъярило Григория даже сильнее, чем его предыдущий отказ, ибо как мог предводительствовать армией крестоносцев человек, преданный папой анафеме? Прибыв в Палестину, Фридрих установил дружественные отношения с мусульманами, стал оправдываться перед ними, что Иерусалим дорог христианам, хотя стратегическое значение его ничтожно, и добился того, что уговорил их мирно уступить ему Иерусалим. Это еще более взбесило папу: с неверными нужно было воевать, а не вести переговоры. Несмотря на это, Фридрих был по всей форме коронован в Иерусалиме, и никто не мог оспаривать, что он добился полного успеха. В 1230 году между папой и императором был восстановлен мир.
Следующие несколько лет, пока этот мир поддерживался, император посвятил делам Сицилийского королевства. С помощью своего первого министра Пьетро делла Винья он издал новый свод законов, построенный на основе римского права и свидетельствовавший о высоком уровне цивилизации в южных владениях Фридриха; этот свод законов был незамедлительно переведен на греческий язык в интересах той части населения, которая говорила по-гречески. Важную роль сыграл университет, основанный Фридрихом в Неаполе. Фридрих чеканил золотые монеты, получившие название «августалов» – первые золотые монеты на Западе за много столетий. Фридрих облегчил условия торговли и уничтожил все внутренние пошлины. Он даже созывал выборных представителей городов на заседания своего совета, который, однако, пользовался лишь совещательными правами.
Конец этому периоду мирных отношений наступил, когда в 1237 году Фридрих вновь вступил в конфликт с Ломбардской лигой; папа связал свою судьбу с городами и вновь отлучил императора от церкви. С этого момента и вплоть до самой смерти Фридриха, последовавшей в 1250 году, война фактически не прекращалась, становясь постепенно с обеих сторон все более ожесточенной, жестокой и предательской. Счастье резко колебалось то в одну, то в другую сторону, и исход борьбы оставался еще не ясным, когда император умер. Однако те, кто пытался быть преемником Фридриха, были лишены его силы и постепенно потерпели поражение, оставив Италию раздробленной, а папу – победителем.
Смерть пап вносила мало перемен в ход борьбы; каждый новый папа фактически без всяких изменений продолжал политику своего предшественника. Григорий IX умер в 1241 году; в 1243 году папой был избран Иннокентий IV, ярый враг Фридриха. Людовик IX, несмотря на свою безупречную ортодоксальность, пытался умерить ярость Григория IX и Иннокентия IV, но тщетно. Особенно нетерпимым был Иннокентий IV, который отверг все предложения о переговорах со стороны императора и не разбирался в средствах борьбы против него. Он объявил Фридриха низложенным с престола, провозгласил против него крестовый поход и отлучил от церкви всех тех, кто его поддерживал. Монахи агитировали против Фридриха, мусульмане поднимали восстания, заговоры возникали даже среди виднейших номинальных его приверженцев. Все это еще более ожесточало Фридриха; заговорщики были жестоко покараны, а у пленников вырывали правый глаз и отрубали правую руку.