Все эти ереси встревожили церковь, и для их подавления были предприняты энергичные меры. Иннокентий III считал, что еретики заслуживают смерти, ибо они повинны в измене Христу. Он призвал французского короля выступить в крестовый поход против альбигойцев, что тот и сделал в 1209 году. Крестовый поход ознаменовался невероятными жестокостями; особенно ужасающая резня была устроена после взятия Каркассона. Раскрытие ереси лежало на обязанности епископов, но это оказалось слишком обременительным для людей, имевших и другие обязанности, и в 1233 году Григорий IX учредил инквизицию, которой была передана эта часть обязанностей епископата. После 1254 года лицам, обвиненным инквизицией, было запрещено пользоваться услугами адвокатов. В случае осуждения имущество обвиняемых конфисковывали – во Франции в пользу короны. Когда обвиняемый признавался виновным, его передавали в руки светских властей с просьбой пощадить его жизнь; но если светские власти отказывались предать осужденного сожжению, они сами подлежали суду инквизиции. В компетенцию инквизиции входило преследование не только ереси в обычном смысле этого слова, но и колдовства и ведовства. В Испании деятельность инквизиции была направлена главным образом против тайных евреев. Функции инквизиции исполнялись в основном доминиканцами и францисканцами. Инквизиция никогда не проникала в Скандинавию или Англию, но англичане обнаружили полную готовность воспользоваться ее услугами против Жанны д’Арк. В целом деятельность инквизиции оказалась вполне успешной; в самом начале своего существования инквизиция полностью истребила ересь альбигойцев.
В начале XIII столетия церковь стояла перед угрозой восстания, едва ли менее грозного, чем то, которое вспыхнуло против нее в XVI столетии. От этого восстания церковь была спасена в значительной мере благодаря появлению нищенствующих орденов; св. Франциск и св. Доминик сделали для ортодоксии гораздо больше, чем даже самые энергичные папы.
Св. Франциск Ассизский (1181 или 1182–1226) был одним из самых обаятельных людей, каких только знает история. Он происходил из зажиточной семьи и в дни своей молодости не был чужд обычным развлечениям. Но как-то раз, когда Франциск проезжал верхом мимо прокаженного, внезапный порыв сострадания внушил ему спешиться с лошади и поцеловать несчастного. Вскоре после этого случая он решил отказаться от всех мирских благ и посвятить свою жизнь проповедничеству и добрым делам. Отец Франциска, почтенный деловой человек, пришел в ярость, но оказался бессильным удержать сына от этого шага. Вскоре св. Франциск собрал группу последователей, которые все дали обет соблюдения полной бедности. На первых порах церковь относилась к движению францисканцев с известной подозрительностью: уж слишком оно походило на движение «Лионских бедняков». Первые миссионеры, посланные св. Франциском в отдаленные местности, были сочтены еретиками, ибо они следовали в жизни идеалу бедности, вместо того чтобы (как монахи) ограничиваться принесением обета бедности, который никто не принимал всерьез. Но Иннокентий III оказался достаточно проницательным, чтобы разглядеть ту пользу, которую могло принести движение францисканцев, если бы его удалось удержать в рамках ортодоксии, и в 1209 или 1210 году признал новосозданный орден. Григорий IX, бывший личным другом св. Франциска, продолжал оказывать ему покровительство, навязывая в то же время ему некоторые правила, которые шли вразрез с энтузиастическими и анархическими побуждениями святого. Франциск стремился истолковывать обет бедности в самом строгом смысле, какой только ему можно было придать; он возражал против того, чтобы его последователи пользовались жилищами или церквами. Францисканцы должны были питаться только тем, что соберут нищенством, и не иметь никаких жилищ, кроме того, что могло предоставить им случайное гостеприимство. В 1219 году св. Франциск совершил путешествие на Восток и читал проповеди перед султаном, который принял его милостиво, но мусульманства не оставил. По возвращении Франциск обнаружил, что францисканцы выстроили для себя обитель; он впал в великую скорбь, но папа уговорил или, может быть, заставил его уступить. После смерти Франциска Григорий IX возвел его в лик святых, но смягчил установленный им устав в вопросе о бедности.