Генрих IV для централизации имперской власти и борьбы с раздробленностью государства сделал опору на мелкопоместное дворянство (министериалов) из западных регионов, способных нести военную и иную службу, и начал проводить политику их заселения на территориях от Нижней Саксонии до Тюрингии. Это потребовало выделения и перераспределения земель в пользу министериалов. Недовольство населения было использовано крупными феодалами. В герцогствах Бавария, Каринтия, Саксония, Швабия произошли восстания. Руководителями восстания были герцог Саксонии Магнус, герцог Оттон Нортхаймский, епископ Магдебурга Вернер, епископ Хальберштадта Бурхард, маркграф Северной марки Удо и другие.
Опасность для короля была настолько велика, что Генрих IV даже обратился к лютичам и датскому королю, «чтобы они нанесли решительный удар саксам, занятым внутренней войною» [{24}
, с.143]. Аналогичное обращение лютичи получили и от саксов, но уже в войне против короля. Лютичи отказались от вознаграждения, не став вмешиваться во внутреннюю войну Германии. В июне 1075 года должно было состояться сражение между армиями короля Генриха IV и саксонской знати. Перед битвой было заключено перемирие на два дня. «Довольные перемирием саксы тотчас же побросали оружие и разошлись по всему полю, разбили лагерь и предались заботам о теле». «Тогда побужденное этой вестью войско императора, перейдя вброд реку, напало на спокойных и безоружных саксов и уничтожило в тот день много тысяч их» [{9}, кн.1 с. 184].Герцог Швабии Рудольф Рейнфельденский (1025–1080) убедил сдаться руководителей восстания, пообещав от имени короля, что они «не будут подвергнуты заключению и не получат никаких телесных повреждений». «Но тотчас после того, как соблазненные условиями саксы передались под власть короля, он (Генрих IV — прим.) приказал взять их под усиленную стражу, не заботясь о сохранении веры данному слову» [{9}
, кн.1, п.27, с. 184]. Впоследствии Рудольф стал противником короля.В это время обострилась борьба папы римского Григория VII (1073–1085) с Генрихом IV за право назначения и утверждения (инвеституры) духовных лиц. Императоры, они же и германские короли, низлагали и назначали прелатов церкви, выделяли им земли с населением. Передача прав на земельные владения сопровождалась принесением клятвы верности вассала сеньору. По сути дела владелец земель являлся главным духовным лицом, феодалом в своих владениях и одновременно вассалом германского короля. Папа римский, Григорий VII настаивал на учреждении права назначения и утверждения духовных лиц, включая папу, за высшим духовенством и папским престолом. Кроме этого Григорий VII требовал отмены права продажи духовного сана (симонии) за деньги или за земельные владения.
В начале 1076 году Генрих IV созвал собор епископов в Вормсе, а затем собор в Падуе, на которых папа Григорий VII был низложен. Возмущенный папа, в свою очередь, освободил подданных императора, включая герцогов, от вассальной клятвы (чего и добивались саксонские князи) и отлучил Генриха IV от церкви, другими словами, сделал его власть нелегитимной. Над Генрихом IV нависла угроза потери короны и распада империи. В разгар зимы Генрих IV, под давлением сложившихся обстоятельств, решился совершить переход через заснеженные Альпы и три дня покорно ждал решения своей судьбы у крепостных стен, за которыми находился папа римский.
Покаявшийся Генрих IV был прощен папой, но в марте 1077 года усилился раскол власти в Германии между саксонскими и Франконскими династиями. Рудольф Райнфельденский, герцог Швабии, был избран антикоролем частью князей. Рудольф дал клятву, которая соответствовала основным требованиям герцогов: не передавать корону по крови, т. е. король должен избираться князьями, и отменить симонию. Таким образом, в Германии возникло двоевластие. К антикоролю Рудольфу примкнули «саксы и свевы. Другие же из государей и города, расположенные по Рейну, не приняли его, так же как и все племена франков ибо они присягали Генриху и не хотели нарушать присяги» [{9}
, кн.1, с. 185].С августа 1078 по осень 1080 года произошло несколько сражений между армиями короля и антикороля. Архиепископы Майнца и Вормса, герцог Саксонии Магнус были пленены, а архиепископ Магдебурга убит. Весной 1080 года папа римский Григорий VII решился поддержать Рудольфа, но осенью того же года антикороль Рудольф скончался от полученных ран. Генрих IV, победивший в решающей битве, потребовал низложения папы Григория VII и возведения на папский престол епископа Равенны Виберта (аптипапа Климент III), которого поддержали ломбардские и часть германских епископов. Теперь уже в церкви возникло противостояние.
Дворянство Саксонии и Швабии не смирилось с поражением и в 1081 году избрало своим новым антикоролем Германа, графа Зальма (Hermann von Salm). Продолжившаяся война с Генрихом IV прекратилась только в 1088 году после выхода из неё герцога Саксонии Магнуса.