Тема "слабости и непрочности человеческой природы" свидетельствует о том, что его душа в то время была полна тоски. Эти "Размышления о первой философии" он послал Мерсенну, чтобы тот познакомил с ними учёных и узнал их мнение по поводу написанного (известны замечания Гоббса, Гассенди, Арно и самого Мерсенна). "Размышления" опубликованы в окончательном варианте вместе с "Ответами" Декарта в 1641 г., их полное название - "Размышления о первой философии, в которой доказывается бытие Бога и бессмертие души" На нападки по этому поводу протестантского богослова Гисберта Воэция Декарт ответил "Epistola Renati Desсartes ad celeberrimum virum Gisbertum Voetium" ("Посланием Рене Декарта к знаменитейшему мужу Гисберту Воэцию"), в котором попытался доказать жалкую несостоятельность философских и богословских концепций своего противника.
Несмотря на горячую полемику вокруг его сочинений о метафизике и науке, Декарт начал работу над "Началами философии"- сочинением в четырех частях, состоящим из коротких статей по образцу школьных учебников того времени. Это компилятивное и систематическое изложение его философии и физики с особым акцентом на связь между философией и наукой опубликовано в Амстердаме и посвящено принцессе Елизавете, дочери Фридриха V Пфальцского.
Вошедшее в моду картезианство простирало своё влияние и на королевские дворы Европы. В конце 40-х годов учением Декарта заинтересовалась молодая шведская королева Христина. Она пригласила знаменитого философа в Стокгольм, чтобы из его уст услышать разъяснения наиболее трудных положений картезианства. Устав от споров с профессорами Лейденского университета, запретившими изучение его трудов, не желая более возвращаться во Францию из-за хаоса, царившего там, Декарт в 1649 г. принимает её приглашение и, отдав в печать рукопись своей последней работы "Страсти души", окончательно покидает утратившую гостеприимство Голландию. Несмотря на большую занятость, Декарт поддерживает переписку с принцессой Елизаветой. Эта переписка очень важна, поскольку в ней проясняются многие тёмные места его философской доктрины и, в частности, вопрос об отношении души и тела, о проблеме морали и свободе воли.
Для королевского двора Швеции, в честь празднования окончания Тридцатилетней войны и Вестфальского мира, Декарт пишет сочинение "Рождение мира". Но его пребывание при шведском дворе было непродолжительным. Королева Христина имела привычку начинать беседы в 5 часов утра, для чего заставляла Декарта вставать в ранний час, несмотря на суровый климат и его не очень крепкое здоровье. 2 февраля 1650 г. философ после очередной утренней беседы заболел воспалением легких и спустя неделю скончался. Погребение состоялось в Стокгольме. Его останки в 1667 г. перевезены во Францию и ныне покоятся в Париже, в церкви Сент-Жермен-де-Пре (современный Пантеон).
После смерти Декарта опубликованы следующие его труды: "Компендиум музыки" (1650), "Трактат о человеке" (1664), "Мир, или трактат о свете" (1664), "Письма" (1657-1667), "Правила для руководства ума " (1701) и "Разыскание истины посредством естественного света" (1701).
Глава 3. Рациональное сомнение и принцип "cogito"
В истории философии и науке существует одна интересная особенность. Повествование и рассказ о системе Декарта начинают с изложения его научного наследия - рассказывают о Декарте-математике, создателе аналитической геометрии; о физике, внесшем серьёзный вклад в обоснование учения о механическом движении, в новую оптику в концепцию вихревого движения, в космогонию; о Декарте-физиологе, заложившем основы учения о рефлексах. И только потом переходят к философии. Между тем специфика картезианского учения такова, что его философские аспекты, охватывающие метафизику, теорию познания, учение о научном методе, этику не только тесно переплетены с естественнонаучными, математическими, но и в известном смысле главенствуют над последними.