По штату 1942 — 1943 годов такой дивизион (Panzerjäger Abteilung) должен был включать в себя три батареи по 13 машин в каждой. В противотанковом дивизионе моторизованной дивизии «мардерами» вооружались только две батареи, а одна — буксируемыми орудиями. Дивизиону образца 1943 года полагалось иметь 51 САУ: по 14 машин в каждой батарее плюс три САУ в штабном взводе. Впрочем, до полного штата ни одно подобное подразделение, по- видимому, никогда укомплектовано не было.
Одновременно с Восточным фронтом состоялся боевой дебют противотанковых установок «Мардер» в Северной Африке. С июня по октябрь 1942 года Африканский корпус генерала Роммеля получил 66 САУ этого типа, в основном Marder III с 76-мм пушкой Рак 36(г). Во время сражения у Эль-Аламейна «мардеры» имелись в составе 33-го противотанкового дивизиона 15-й танковой дивизии и 39-го противотанкового дивизиона 21-й танковой дивизии.
В течение 1942 года выработалась тактика применения самоходных противотанковых дивизионов. В наступлении танковой дивизии самоходные противотанковые орудия всегда располагались в боевых порядках атакующих частей. Они использовались для отражения контратак танков противника, а также для поддержки атаки своих танков. Самоходные противотанковые орудия, двигаясь в боевых порядках танков, вели огонь прямой наводкой по появляющимся целям противника.
Самоходные противотанковые орудия часто применялись для быстрого закрепления захваченных рубежей, с которых они отражали атаки танков противника, располагаясь на замаскированных позициях и ведя огонь с близких дистанций. Кроме того, самоходные истребители танков использовались для создания подвижной противотанковой обороны на флангах наступающих частей.
В обороне танковой дивизии истребители танков использовались в качестве подвижного противотанкового резерва командира дивизии на танкоопасных направлениях, а также для поддержки контратак.
При отступлении танковой дивизии противотанковые САУ использовались в составе арьергарда для отражения танковых атак противника, а также для поддержки контратак, проводимых с целью обеспечения отхода на промежуточные рубежи.
Принцип применения самоходных противотанковых орудий в моторизованной дивизии оставался тем же, что и в танковой дивизии, с той лишь разницей, что здесь истребители танков взаимодействовали с дивизионом штурмовых орудий, а не с танками.
Самоходки Marder III Ausf.H начали поступать в противотанковые дивизионы в конце 1942 года. На Восточном фронте первым соединением, получившим в декабре 1942 года эти боевые машины, стала моторизованная дивизия «Лейбштандарт СС «Адольф Гитлер». Самоходные орудия этой модификации приняли участие в операции «Цитадель», в том числе в 50-м противотанковом дивизионе 9-й танковой дивизии. В 1943 году «мардеры» этой модификации воевали также в Тунисе в 10-й танковой дивизии и в Италии — в 90-й моторизованной.
С лета 1943 года и вплоть до поступления в войска самоходок Hetzer основой противотанковых дивизионов стали САУ Marder III Ausf.M. Последние, по мере поступления «хетцеров», передавались из танковых и моторизованных дивизий в пехотные, в составе которых они и провоевали до конца войны.
В заключение немного статистики. По состоянию на начало 1943 года в составе соединений Вермахта и войск СС имелось 1124 истребителя танков «Мардер» всех модификаций. Спустя год их насчитывалось уже 1569 единиц, а на начало 1945 года в войсках оставалось всего 736 таких самоходных орудий.
Единственной иностранной державой, получившей САУ «Мардер», стала Словакия. В начале 1944 года словацкой армии передали 18 самоходок Marder ill Ausf.H. В ходе последовавшего за началом Словацкого национального восстания разоружения ряда частей и соединений словацкой армии 16 машин вновь встали под знамена Вермахта. Лишь две оставшихся у словаков машины приняли участие в боях с немцами, обе были подбиты.