Учитывая общую конструкцию с одноместным вариантом, F-106B страдал во время летных испытаний более и менее от rex же проблем. В результате предварительная боевая готовность была достигнута только к июлю 1960 года, несмотря на то, что первый экземпляр для боевых частей был принят годом раньше, в феврале 1959 года.
С момента принятия F-106B на вооружение, обычно, в каждой эскадрилье ПВО с данным типом самолета имелось два двухместных истребителя для проведения тренировочных полетов, а также для полетов на перехват, хотя обычно F-106B на боевом дежурстве не числился. Главная тренировочная база ПВО Тиндэлгаг не использовала F- 106В. Причем, количество задействованных там самолетов было довольно велико. В течение 60-х годов там находилось до 30 машин данной модификации. В конце карьеры, по мере уменьшения потребности в подготовке пилотов на "Дарт", флот двухместных машин стал все больше задействоваться для других целей.
Выпуск обоих вариантов "Дельта дарт" завершился в течение декабря 1960 года. К этому времени были выпущены 277 F-106A и 63 F-106B. Как уже отмечалось выше, параллельная доводка и производство перехватчиков "Конвэр" привели к тому, что парк этих самолетов оказался разношерстным. Главной причиной этому был без сомнения принцип "сэндвича", когда ускорение процесса запуска в производство приводило почти к неизбежному и очень сильному различию в конструкции самолетов, находящихся на вооружении, так как различные модификации вносимые по результатом испытаний влияли на уже налаженное производство. В случае с F-106 разница между первым и последним серийными самолетами была особенно заметной. Командование ПВО определило не менее 130 изменений, которые следовало внести, чтобы довести первые выпущенные самолеты до стандарта последнего, сошедшего со сборочной линии в Сан-Диего.
Проект "Вилд гус" (Дикий гусь) должен был исправить такое положение. Работа заняла один год, начавшись в сентябре 1960. Эта программа модернизации проводилась выездными группами фирмы "Аэр материал коммэнд" вместе с обслуживающим персоналом частей ПВО. Приблизительно в то же время началась другая программа модернизации "Броуд джамп" – более серьезная, имевшая целью значительно улучшить боевые характеристики совсем недавно выпущенного перехватчика. Программа продолжалась до 1963 года. Наиболее заметным результатом "Броуд джамп" стало оснащение самолетов теплопеленгатором, установленным перед кабиной пилота. Для таких и других доработок самолеты направлялись в Макклеллан, Калифорния на фирму "Сакраменто аэр материал эреа", где на каждый самолет тратилось до двух месяцев работ.