Третьей программой была "Дельта борд", которая проводилась параллельно с "Броуд джамп". Это тоже была программа различных переделок, проводившаяся с августа 1961 года по апрель 1962 года. Предусматривалась установка специальной противопожарной перегородки, катапультируемого сиденья "Конвэр" и исключения возможности воспламенения топливных паров. Эти программы были не так уж и дешевы – с "Вилдгус" по "Бродджамп" ВВС потратили до 15 млн. долл. Сейчас это вроде бы и небольшая сумма, но тогда это была крупная сумма.
Даже после этого "шестерка" все еще доставляла проблемы. Наиболее серьезные трудности были связаны с электронной системой управления огнем МА-1, которая требовала довольно продолжительной "утряски" обслуживающим персоналом, чтобы хотя как-то заставить ее работать. Программы различных доработок, проводившиеся в первой по ловине 60-х, были направлены на устранение наиболее серьезных недостатков, а также позволили увеличить дальность обнаружения и захвата цели. Н да; е после этого в течение нескольких лет "Дельта дарг" бы.- все еще не вполне надежной машиной. К этому времени самолет прошел еще одну модернизацию – с 1965 года на боевые самолеты стали ставить навигационную систему ТАКАН (тактическая аэронавигация).
В гоже время была установлена система дозаправки топливом в полете вместе с возможностью подвески специальных высокоскоростных топливных баков. Эти доработки позволяли использовать самолет на базах за океаном, и такая возможность вскоре представилась. Самолеты из 318-й эскадрильи с Макхорд были переброшены на базу Осаи в Корее в марте 1968 года, во время демонстрации мощи США после захвата флотом КНДР в январе разведывательного судна "Пуэбло". Позже еще несколько частей ПВО с F- 106 побывало на Дальнем Востоке – 48-я, 94-я и 95-я эскадрильи.
Перспективные планы периода 1967-68 гг определяли необходимость в дальнейших улучшениях и доработках, но, как это часто случается, различные интересы и колебания в определении оборонной политики задержали реализацию многих перспективных идей. Одна из таких программ имело акроним СЛИМ (Упрощение тылового снабжения и улучшение технического обслуживания) и должна была обойтись в 120 млн. в ценах 1967 года. Эта программа была прекращена в конце 1967 года, когда Секретариат по обороне решил прекратить дальнейшие работы по F-12 в пользу новой версии "Дельта дарта", получившей обозначение F- 106Х. По-существу это должен был быть полностью переработанный самолет с более мощным локатором и значительно улучшенной системой управления огнем, позволявшими вести перехват целей на фоне земли.
Стоимость программы была где-то около 600 млн., и безусловно, благодаря этой причине, F-106X ушел в небытие. Политические игры также сыграли в этом определенную роль. Разногласия между Департаментом обороны, стоявшим за F-106X, и конгрессом, который тянул ВВС обратно к F-12, привели к тому, что оба самолета так и не попали на вооружение.
Как следствие, командование ПВО вернулось вновь к СЛИМ, как к отправной точке, преобразовав ее в МЕИСР (Минимальные необходимые улучшения надежности систем) стоимостью в 91 млн. долл. для доработки 250 одно- и двухместных "Дартов". Планировалось улучшить надежность таких систем как: локатор, автоматическая система управления полетом и электроники. Программа выполнялась в течение нескольких лет и закончилась доработкой последнего F-106 на базе Хамильтон персоналом тыловой службы ВВС.
Другой программой модернизации, начавшейся в конце 60-х годов, стал проект "Сиксшутер", имевший целью обеспечить возможность ведения на F-106 воздушного боя с истребителями противника. В первоначальном варианте "Сиксшутер" должен был получить пушку "Вулкан" М-61 и управляемый ЭВМ прицел. Предусматривалась и возможность установки системы РЭБ и предупреждения об облучении локатором.
Опять же, средств не хватало, и хотя ВВС горячо одобрили программу модернизации, финансы задержали полную реализацию планируемых мероприятий до 70-х годов. К этому времени на вооружении оставалось уже меньше 250 машин этого типа. С нек горой задержкой все задумки "Сиксшутер" были реализованы, правда, пушка устанавливалась на перехватчик редко.
Хотя F-106A и F-106B были единственными модификациями "Дарта" попавшими в серию, в середине 50-х годов предполагалось запустить в производство еще два варианта. Первый F-106C с двигателем "Пратт & Уитни" JT-4B-22 должен был иметь повышенные летные характеристики и за счет установки 102-см антенны локатора гораздо большую дальность обнаружения цели и, теоретически, большую вероятность ее поражения. Одно время ПВО планировали получить до 350 F-106C, но работы по этому варианту были прекращены 23 сентября 1958 года, когда два опытных YF-106С были уже в процессе сборки. F-106D вообще не дошел даже до этой стадии. Предполагалось, что последний станет двухместным вариантом F-106C.