Первые же дни служения показали, что Иоанну предстоит огромная проповедническая работа, не меньшая, чем та, что ждала бы его в диких племенах Аляски. Среди местных прихожан были иноверцы, атеисты и сектанты, так как в городе тогда было много ссыльных порочных людей, неугодных царю. Кроме того, в Кронштадте очень бедно жили чернорабочие, которые от безысходности проводили свободное время в разврате и пьянстве. Этих опустившихся людей в городе называли посадскими, и от них часто терпели нападения честные горожане. По вечерам улицы Кронштадта пустели, так как с наступлением темноты в городе было небезопасно.
Свой христианский просветительский подвиг святой Иоанн Кронштадтский начал именно с жалких лачуг, где проживали посадские чернорабочие. Преподобный ежедневно обходил их убогие жилища и чем мог помогал этим людям. Он давал им деньги, одежду, говорил добрые слова о любви Господа к чадам Своим. Вскоре Господь одарил святого Иоанна благословенной способностью исцелять телесные и душевные недуги. Святой брался за лечение самых тяжелых больных, от которых отказались врачи.
Слава о кронштадтском чудотворце пошла по всей России. К святому Иоанну ежедневно приезжали тысячи людей в надежде на исцеление и его благословение. Обращались к чудотворцу не только бедные, но и очень богатые люди, жертвовавшие за свое исцеление огромные средства. Эти деньги шли на питание тысяч нищих, строительство «Дома трудолюбия» с мастерскими, школой, храмом и приютом. В своем родном селе Иоанн Кронштадтский выстроил женский монастырь и величественный каменный собор.
10 декабря 1908 года преподобный совершил последнюю в своей жизни Божественную литургию. А спустя десять дней святой праведник скончался. Преподобный Иоанн оставил после себя много литературных сочинений, среди которых наибольшую известность имеют его записки «Моя жизнь во Христе». Похоронили святого в усыпальнице монастыря, основанного праведником в Санкт-Петербурге. После кончины преподобного по молитве ему совершаются чудеса и исцеления. Иоанну Кронштадтскому следует молиться при любых недугах, особенно психических.
День памяти преподобного Иоанна Кронштадтского православная церковь отмечает 2 января (20 декабря по старому стилю).
Православныя веры поборниче, земли Российския печальниче, пастырем правило и образе верным, покаяния и жизни во Христе проповедниче, Божественных Таин благоговейный служителю и дерзновенный о людех молитвенниче, отче праведный Иоанне, целителю и предивный чудотворче, граду Кронштадту похвало и Церкви нашея украшение, моли Всеблагаго Бога умирити мир и спасти души наша.
Днесь пастырь Кронштадтский предстоит Престолу Божию и усердно молит о верных Христа Пастыреначальника, обетование давшего: «Созижду Церковь Мою, и врата адовы не одолеют ея».
О, великий угодниче Христов, святый праведный отче Иоанне Кронштадтский, пастырю дивный, скорый помощниче и милостивый предстателю!
Вознося славословие Триединому Богу, ты молитвенно взывал:
«Имя Тебе – Любовь: не отвергни меня, заблуждающагося.
Имя Тебе – Сила: укрепи меня, изнемогающаго и падающаго.
Имя Тебе – Свет: просвяти душу мою, омраченную житейскими страстями.
Имя Тебе – Мир: умири мятущуюся душу мою.
Имя Тебе – Милость: не переставай миловать меня».
Ныне благодарная твоему предстательству всероссийская паства молится тебе:
Христоименитый и праведный угодниче Божий!
Любовию твоею озари нас, грешных и немощных, сподоби нас принести достойные плоды покаяния и неосужденно причащатися Святых Христовых Таин.
Силою твоею веру в нас укрепи, в молитве поддержи, недуги и болезни исцели, от напастей, врагов, видимых и невидимых, избави.
Светом лика твоего служителей и предстоятелей Aлтаря Христова на святые подвиги пастырского делания подвигни, младенцем воспитание даруй, юное настави, старость поддержи, святыни храмов и святые обители озари.
Умири, чудотворче и провидче преизряднейший, народы страны нашея, благодатию и даром Святаго Духа избави от междоусобныя брани, расточенная собери, прельщенныя обрати и совокупи Святей Соборней и Апостольской Церкви.
Милостию твоею супружества в мире и единомыслии соблюди, монашествующим в делах благих преуспеяние и благословение даруй, малодушныя утеши, страждущих от духов нечистых свободи, в нуждах и обстояниих сущих помилуй и всех нас на путь спасения настави.
Во Христе живый, отче наш Иоанне!
Приведи нас к невечернему свету жизни вечныя, да сподобимся с тобою вечнаго блаженства, хваляще и превозносяще Бога во веки веков. Аминь.
«Всякий человек должен молить Бога за всех людей, живущих с ним в одном доме, и за людей, ему служащих, поминая их имена изустно, от чего ему легче будет одолеть себя, когда враг станет подвигать на гнев против них; и люди будут к нему доброжелательны».