Одновременно с Торрити, вероятно в 1292-1297 гг., западный фасад базилики Санта Мария Маджоре украшал третий крупный римский мастер мозаики – Филиппа Русути. Эти мозаики сегодня скрыты барочным фасадом. В верхней части картины величественную фигуру Христа, восседающего на троне, окружают символы четырех евангелистов и фигуры святых, по четыре с каждой стороны. Сигнатуру мастера можно прочесть под троном на дуге мандорлы: «Philipp Rusuti fecit hoc opus». Ниже, по обе стороны большого готического окна-розы четыре сцены посвящены истории основания базилики. Влияние этих изображений, главным образом их композиционного построения, заметно на фресках церкви Сан Франческо в Ассизи, например в сценах «Сон папы Иннокентия III и папы Григория IX», «Святой Франциск перед папой». Стиль Русути отличается от стиля и Каваллини, и Торрити: в композиции, в восприятии пространства и в мозаичной технике он следует поздним античным образцам, второму помпейскому стилю. В то же время готические архитектурные формы, хрупкие, вытянутые фигуры говорят о влиянии французской готики.
О том, какой облик имели другие римские базилики около 1300 г., почти не сохранилось никаких сведений. Мозаику апсиды базилики Сан Джованни ин Латерано, также выполненную Торрити по заказу папы Николая IV, сегодня можно видеть лишь в реконструкции, проведенной в XIX в.
Ассизи
Римские мастера и самые выдающиеся сиенские художники в эти же годы и также по заказу пап Николая III и Николая IV совместно расписали церковь Сан Франческо в Ассизи. Над могилой брата Франциска, умершего в 1226 и причисленного к лику святых в 1228 г., был построен двухъярусный храм (1228-1253). Это было первое в Италии сооружение монументальной готической архитектуры. Нижняя церковь предназначалась для паломников, а Верхняя – для папы и монахов. Строительство это инспирировалось в первую очередь папами. В 1253 г. эту церковь, «главу и мать» («caput et mater») всех францисканских церквей, освятил папа Иннокентий IV. В то время там, как и в больших римских базиликах, уже стоял на главном месте апсиды папский трон.
Однако роспись Верхней церкви была начата только в 1270-х гг. при папе Николае III, после того как внутри ордена удалось оттеснить на задний план направление спиритуалистов, которые, настаивая на полнейшей бедности, противились росписи храма. Предположительно сам папа составил программу росписи Верхней церкви совместно с теологами ордена, в первую очередь с его главой Джероламо д'Асколи (1274-1279), в будущем папой Николаем IV. Эта программа представляет собой визуальное воплощение францисканской теологии. На фресках между большими окнами апсиды изображены сцены из жизни Марии, в правом трансепте – из жизни апостолов Петра и Павла, а в левом – картины Апокалипсиса. Стена, примыкающая к апсиде, расписана сценой победы св. Михаила над Сатаной. Напротив – драматическая многофигурная композиция «Распятие». (У подножия креста стоит на коленях св. Франциск.) Между двумя трансептами на своде средокрестия изображены четыре евангелиста, передающие на землю весть. На боковых стенах нефа, как в римских базиликах св. Петра и св. Павла, размещены сцены из Ветхого и Нового заветов, а под ними в 28 сценах – житие св. Франциска на основе его ортодоксальной биографии, написанной Бонавентурой в 1260 г. На крестовом своде нефа, во втором ряду сводных секторов в медальонах изображен Деисус, то есть Христос с Марией и Иоанном Крестителем. К ним в четвертом секторе примыкает погрудное изображение св. Франциска. На участке свода над порталом выписаны фигуры четырех западных отцов церкви, праздник которых был учрежден папой в 1298 г. Погрудные изображения апостолов Петра и Павла над входом указывают на тесную связь ордена и особенно этой церкви с папой. В беллетах арок, украшающих стрельчатые завершения боковых стен, можно видеть погрудные изображения пророков, мучеников, исповедников (среди них св. Франциска) и дев. Роспись витражей – фигуры святых – также органически входит в теологическую программу францисканцев.