Осенью 1541 года фреска была открыта. Она вызвала одновременно и бурю восторгов и сильные нападки, главным образом со стороны церковных кругов. Ревнителей католической веры возмущало прежде всего обилие наготы в священном изображении — все святые представлены были у Микеланджело обнаженными. Но резкий отпор вызвала и общая почти языческая идея фрески, в которой Христос был изображен не милосердным судией, но гневным мстителем. Особенно резкую полемику против «Страшного суда» поднял Пьетро Аретино, сатирик и пасквилянт, острого и блестящего пера которого боялись властители всей тогдашней Европы. Сам — воплощенное отсутствие совести и безбожник, он яростно нападал на Микеланджело за якобы его склонность к протестантизму. Его усилия не пропали даром. Правда, Павлу III удалось защитить своего любимца. Но когда на папский престол взошел Павел IV Караффа, ревностный деятель контрреформации и основатель инквизиционных трибуналов в Италии, нападки начались снова. Сначала папа хотел просто уничтожить фреску; потом несколько смягчился и потребовал, чтобы наиболее вызывающие места Микеланджело записал одеждами. Микеланджело наотрез отказался: «Скажите папе, что это — дело маленькое и уладить его легко, пусть он мир приведет в пристойный вид, а картины привести в него можно очень быстро
». В конце концов один из учеников Микеланджело — Даниеле да Вольтерра согласился «одеть» святых «Страшного суда», что ему и удалось сделать с большим тактом.Во фреске «Страшного суда» буйный темперамент Микеланджело в последний раз развернулся с небывалой силой. Своими огромными размерами, полным отсутствием рамы и бешеным вихрем движения картина подавляет все стены капеллы и ослабляет эффект потолочной росписи. Композиция построена в виде огромной дуги, вращающейся вокруг своей оси, вершину которой занимает фигура Христа. Слева взлетают кверху группы воскресших праведников; справа низвергаются в бездну грешники, которых поджидает черная лодка Харона. В двух люнетах наверху, составляющих переход к плафону, — группы ангелов с символами мучений — крестом и колонной. Возле Христа — маленькая богоматерь, единственная одетая фигура всей фрески. Рядом с ней мощная, гордая фигура Христа, больше похожего на разгневанного Аполлона, кажется еще огромней, а его жест проклятия, которым он посылает грешников на муки, благодаря отступающему в глубину профилю мадонны, приобретает поистине фатальную силу. Налево — группа патриархов во главе с Адамом, направо — апостолы во главе с Петром; и дальше — несметные полчища сивилл, пророков и мучеников, надвигающихся со всех сторон с орудиями своих пыток.
В истолковании своей темы Микеланджело далеко отошел от теологических преданий. Его вдохновителем был Данте — недаром Микеланджело считался в свое время лучшим знатоком «Божественной комедии
». Микеланджело заимствовал у Данте и целый ряд отдельных сцен, как, например, Харона и Миноса, любовную пару Паоло и Франчески, образ Беатриче и общую схему построения. Но эта близость к идеям Данте не исчерпывает главного содержания сикстинской фрески. Микеланджело сумел наполнить этот клубок тел не поддающейся описанию страстностью, кипением чувств и превратить свою собственную жажду обличения и отмщения в извергающуюся, словно из вулкана, лавину гнева божия. Его тема — это тема возмездия, наказания. Он яростно обличает и казнит пороки современного общества — измену, клевету, разврат. Присмотритесь к святым и мученикам. Разве похожи они на посредников всепрощения? Они кипят ненавистью и жаждой отмщения; дрожа от возбуждения, затаив дыхание, они ждут рокового вердикта владыки. Здесь нет места благостному милосердию. Это вихрь взорвавшихся страстей.