В 63 г. до н. э. Помпей прибыл в Дамаск с главными силами римской армии на Востоке. В этот момент, когда решалась судьба Иудеи, к Помпею поспешили три посольства: от Аристобула, Гиркана и фарисеев. Если первые два доказывали свои права на царский престол и убеждали римлян поддержать их, то фарисеи просили избавить страну от Хасмонеев и отдать всю власть достойному первосвященнику. Для большей убедительности своих аргументов Аристобул II преподнес необычайно дорогой подарок – виноградную лозу из чистого золота, стоимостью в 500 талантов. Однако Помпей не дал ясного ответа на просьбы сторон. Он считал, что пришел на Восток не помогать кому-либо, а проводить в жизнь интересы Римской республики. Помпей склонялся к тому, чтобы поддержать более слабого – Гиркана как самого зависимого и, следовательно, послушного Риму претендента на иудейский престол. Аристобул являлся куда более сильным, одаренным и богатым кандидатом на трон, он вызывал у Помпея подозрение, что станет слишком не зависимым от Рима царем. Однако, как опытный полководец и искушенный политик, Помпей не торопился с объявлением своего решения, чтобы, во-первых, заставить все стороны сотрудничать с римлянами, а во-вторых, не позволить Аристобулу, фактическому правителю, подготовиться к войне. В качестве первого шага он потребовал сдать ему все военные крепости и беспрепятственно пропустить его армию в Иудею. Аристобул II, не желая портить отношения с римлянами, был вынужден подчиниться. Но, подойдя к Иерусалиму, Помпей взял под стражу Аристобула и выставил новое требование – впустить его в город. Пока приверженцы Аристобула совещались, как поступить, сторонники Гиркана открыли ворота и впустили римлян в город. Перед лицом вероломства римлян и предательства противоборствующей партии, людям Аристобула не осталось ничего другого, как укрыться на Храмовой горе и приготовиться к отчаянному сопротивлению. Тем временем партия Гиркана не только предоставила в распоряжение римлян царский дворец, но и усердно помогала им в подготовке штурма Храмовой горы. Лишь после тяжелой трехмесячной осады римлянам и сторонникам Гиркана удалось ворваться в Храм и перебить приверженцев Аристобула II, а заодно и поддерживавших их храмовых священников (саддукеев). Несмотря на свои проримские и профарисейские симпатии, Флавий не мог не восхититься мужеством, глубиной веры и чувством долга своих идейных противников – священников Храма: «Сколько ни терпели римляне при этой осаде, они все-таки должны были удивляться стойкости иудеев вообще и в особенности тому, что они под самым жестоким градом камней и стрел не упускали ни одного малейшего обряда их богослужения, точно глубокий мир царил вокруг них. Ежедневные жертвоприношения, омовения и вообще весь порядок богослужения совершались со всей пунктуальностью. Даже после взятия храма, когда кровь их (священников
Захватив Храм, Помпей вместе со своей свитой совершил еще и святотатство, войдя в особую комнату, Святая святых, где пребывал Дух Божий и куда мог войти только первосвященник, да и то лишь один раз в году – в Судный день. Римские язычники были поражены, найдя помещение совершенно пустым и не обнаружив там никаких статуй и изображений. Правда, Помпей ничего не взял из храмовой казны и не тронул драгоценные вещи и утварь. Более того, он разрешил очистить Храм и возобновить богослужение уже на следующий день после штурма.
Помпей опасался оставлять Иудею территориально большой и могущественной, какой она была при Яннае и Саломее Александре. Желая существенно ослабить страну, он отнял у Иудеи все средиземноморское побережье вместе с портовыми городами, большую часть Заиорданья, а также некоторые области Самарии и Идумеи. Кроме того, он восстановил эллинистические города на всей территории Палестины, подчинив их непосредственно Риму, наложил на Иудею дань и приказал разрушить стены Иерусалима. Помпей казнил также многих сторонников Аристобула II, а самого иудейского царя вместе с его семьей отправил в Рим. Вместе с тем римляне боялись появления новых Маккавеев, поэтому оставили Иудее не только полную религиозную свободу, но и внутреннюю самостоятельность, в то время как, например, селевкидская Сирия была превращена в обычную римскую провинцию. Первосвященником и этнархом (правителем) Иудеи был назначен Гиркан, однако без права использовать титул царя.