Кризис власти и закона в стране не обошел и храмовых священников. Как никогда, обострилась борьба за пост первосвященника, и претенденты на него не брезговали никакими средствами: они нанимали вооруженные отряды, которые запугивали, а то и просто убивали соперников. Храмовая аристократия дошла до того, что не стеснялась отбирать пропитание (так называемую десятину) у рядовых священнослужителей, обрекая последних на голод. Со своей стороны, их помощники, левиты, стали требовать тех привилегий, которые им не полагались по законам Моисея. Хуже того, первосвященники перестали считаться с мнением верховного религиозного суда – Синедриона. Так, первосвященник Ханан (Анан), руководствуясь только личными соображениями, приговорил Иакова, брата Христа, к казни через побитие камнями, и это несмотря на категорическое несогласие всех членов Синедриона с данным решением. Ханан демонстративно игнорировал и мнение лучших законоведов Иерусалима, возмущенных расправой с Иаковом. Однако произвол Ханана не вызывал возражений у римского наместника Альбина, который постоянно получал богатые подарки от первосвященника.
Лихоимство прокураторов, самоуправство аристократов и беззаконие первосвященников, породившие антиримское движение и классовую войну, были только частью того кризиса, который поразил Иудею в конце 40-х – середине 60-х гг. Убийство в Самарии мирных паломников, направлявшихся из Галилеи в Иерусалим, вызвало ожесточенные столкновения между иудеями и самаритянами – двумя ветвями одного и того же народа. Главам самаритянской общины удалось подкупить Кумана, тогдашнего прокуратора Иудеи, и он приказал римскому гарнизону поддержать самаритян, что подлило масла в огонь конфликта. Только решение императора Клавдия в пользу иудеев и ссылка Кумана принесли успокоение, хотя и ненадолго.
Еще одной хронической проблемой 40—60-х гг. были постоянные стычки между евреями и сирийцами в эллинистических городах Иудеи. Пришлое языческое население не хотело считаться с особенностями еврейского монотеизма и, пользуясь поддержкой римского гарнизона (он набирался в основном из тех же сирийцев Кесарии и Себастии), вело себя вызывающе в отношении хозяев страны – иудеев. Чаще всего конфликты между иудеями и эллинизированными сирийцами происходили в Кесарии, средиземноморском городе, где находилась резиденция римского прокуратора.
Отражением кризиса, в котором пребывала страна, стал всплеск мессианских настроений. Народ ждал Мессию – посланца Божьего, который должен был освободить страну от власти языческого Рима и его местных слуг, очистить Храм и души людей от накопившейся моральной скверны. В атмосфере ожидания прихода Мессии в стране то и дело появлялись лжепророки, собиравшие вокруг себя толпы людей и обещавшие сотворить чудеса. Римляне рассматривали любых подобных пророков как вызов своей власти и жестоко расправлялись с ними и их приверженцами. Флавий, очевидец тех событий, пишет о них так: «Это были обманщики и прельстители, которые под видом божественного вдохновения стремились к перевороту и мятежам, туманили народ безумными представлениями, манили его за собой в пустыни, чтобы там показать ему чудесные знамения его освобождения. Феликс (римский прокуратор) усмотрел в этом семя восстания и выслал против них тяжеловооруженных всадников и пехоту, которые убивали их массами» (Флавий, Иуд. война, II, 13, 4). Новозаветная книга «Деяния святых апостолов» подтверждает сообщение Флавия и упоминает о некоем «Февде, к которому пристало около четырехсот человек» и «египтянине», который вывел в пустыню четыре тысячи человек (Деян. 5: 36; 21: 38).
В 66 г. эллинистическим жителям Кесарии удалось добиться от императора Нерона грамоты, которая объявляла их хозяевами города. Это роковое решение Нерона подтолкнуло кесарийских язычников на провокацию в отношении евреев: они демонстративно принесли жертву своим идолам прямо перед дверью синагоги. Римский прокуратор Флор, малоазийский грек из города Клазомен, игнорировал возмущение иудеев и открыто поддержал близкое ему по духу и культуре эллинистическое население. Под предлогом того, что император нуждается в деньгах, он приказал забрать из сокровищницы Иерусалимского Храма семнадцать талантов серебра (как выяснилось впоследствии, он их просто присвоил себе). Чтобы устрашить протестовавших иерусалимцев, он приказал своим солдатам разграбить несколько кварталов города и перебить всех их жителей, не щадя ни женщин, ни детей (Флавий, Иуд. война, II, 14, 9).