Султан Джохора Ала-уд-дин Риайят-шах III с интересом следил за первыми шагами голландцев и англичан в Малайе, видя в них потенциальных союзников против Португалии. Когда в конце 1602 г. в Джохор прибыла голландская эскадра под командованием адмирала Якоба ван Хеемскерка, голландцы встретили здесь теплый прием. Ала-уд-дин Риайят-шах III направил с эскадрой Хеемскерка двух послов к голландскому штатгальтеру принцу Морицу Оранскому. Это были первые послы малайского государя, посетившие Европу. На обратном пути в устье реки Джохор (т. е. еще в джохорских территориальных водах) 25 февраля 1603 г. Хеемскерк встретил большое португальское судно, возвращавшееся из Китая, и ограбил его (продажа захваченного груза в Голландии принесла барыш в 3,5 млн. гульденов). Вскоре после этого к джохорской столице Бату-Савар подступила португальская эскадра под командованием Мендозы, только что вернувшаяся после разорения островов Пряностей. Мендоза предъявил шаху ультиматум с требованием выдать «голландских воров» (персонал фактории, оставленный в Бату-Саваре Хеемскером). Султан ответил отказом. Тогда Мендоза начал осаду джохорской столицы. Ала-уд-дин Риайят-шах обратился за помощью к находившейся поблизости английской эскадре. Англичане прислали два корабля, которые помогли отбить первый натиск. Когда же к Джохору подошла прибывшая из Европы новая голландская эскадра, португальцам пришлось поспешно возвращаться на свою базу в Малакку [262, с. 76, 263, с. 118].
Весной 1606 г. в Джохор прибыл голландский адмирал Ма-телифф для переговоров о совместной войне против Малакки. Ала-уд-дин Риайят-шах III в принципе был готов воевать в союзе с голландцами, но новые союзники никак не могли договориться о разделе будущей добычи. Султан требовал, чтобы Малакка после завоевания была возвращена Джохору, как его исконное владение, Мателифф же не желал об этом и слышать. Договорились, что Малакка отойдет к Голландии, а ее окрестности, в частности предместье Малакки Кампонг Клинг, а также все захваченные в Малакке пушки и половина другой добычи будут переданы Джохору. Кроме того, Мателифф выговорил для голландской Ост-Индской компании право беспошлинной торговли и монополию на торговлю европейскими товарами. Что касается военного союза в будущем, то Мателифф обещал Джохору поддерживать его только в войнах против испанцев и голландцев. Войны же против других врагов оставались личным делом султана Джохора. Впрочем, в случае конфликта с Аче Голландия обещала свое посредничество. На таких условиях 17 июня 1606 г. был подписан первый голландско-джохорский договор [157, с. 35; 158, с. 208; 271, с. 48].
В том же месяце Мателифф со своей эскадрой и джохорское войско приступили к осаде Малакки. Но Малакка с ее стенами толщиной 7,5 метра оказалась слишком крепким орешком для союзников. К тому же Ала-уд-дин Риайят-шах III, разочарованный условиями договора, не был активен. Когда же в августе 1606 г. к португальцам подошло сильное подкрепление из Гоа, Мателифф, после малоуспешного для него морского боя с португальской эскадрой, вынужден был снять осаду [182, с. 73; 271, с. 111].
Прибывший в январе 1609 г. в Бату-Савар голландский адмирал Верхувен вступил в новые переговоры с Риайят-шахом III. На этот раз он просил разрешения построить в Джохоре крепость, чтобы использовать ее как базу для военных действий против Малакки. Джохорский султан, резонно видя в этой просьбе угрозу для независимости Джохора, ответил категорическим отказом. После этого в голландско-джохорских отношениях наступило охлаждение. Голландцы сократили до минимума свою торговлю
Здесь он был встречен сильным сопротивлением, поскольку молодой султан Аче — Искандер Муда в это время стал проявлять интерес к богатым перцем и золотом княжествам Восточной Суматры. Вскоре войска Аче начали брать верх над войсками Джохора и его ненадежных вассалов. В 1612 г. Искандер Муда без особого труда завоевал княжество Ару. Затем он оккупировал Сиак, Кампар и Индрагири. Таким образом в его руках оказалась вся западная сторона Малаккского пролива. 7 мая 1613 г. ачехский военный флот появился у причалов Ба-ту-Савара. После 29-дневной осады город был взят штурмом и сожжен. Португальцы не оказали Риайят-шаху никакой помощи. Он вместе со всей семьей был взят в плен и увезен в Аче, где вскоре умер. В качестве своей марионетки Искандер Муда посадил на джохорский трон брата шаха — принца Бонг-су, который принял тронное имя Хаммат-шах (1613–1623) [45, с, 24; 158, с. 247; 179, с. 190].