Противникам Цезаря удалось ослабить его армию. При известиях о наступлении парфян, было принято решение, чтобы и Цезарь, и Помпей выделили по одному легиону для посылки на восток. Помпей дал I легион ранее посланный им Цезарю, а Цезарь добавил свой, 15 легион. Реально группировка Цезаря сократилась с 11 до 9 легионов (Hirt. В. G., VIII, 54; Dio, 40, 65; Арр. В. С, II, 29; Plut. Pomp. 56; Caes., 29). По приказу Марцелла, войска были переданы в распоряжение Помпея, став ядром его группировки.
Другим весьма опасным фактором стала измена лучшего из легатов Цезаря, Тита Лабиена, Мотивы измены Лабиена остаются неясными. Ее часто объясняют преданностью Помпею и тем, что в конфликте Цезаря и Помпея он выбрал второго. Не исключены и более глубинные мотивы: выдающийся военачальник не довольствовался ролью второго и чувствовал себя чужим в цезарианской элите. Так или иначе, в дальнейшем, Лабиен был одним из самых способных, последовательных и жестоких противников Цезаря в войне 49–45 гг. Не совсем ясно, когда произошел конфликт. В 50 г. Лабиен был наместником Ближней Галлии, и его задачей была важная функция обеспечения лояльности населения провинции (Hirt., VIII, 52). Переговоры начались, видимо, уже тогда, возможно, помпеянцы рассчитывали на измену какой-то части армии Цезаря. Не исключено, что Лабиену уделялась и другая роль: он должен был помочь переходу галльской армии под командованием помпеянцев.
Дебаты продолжились в августе 50 г. (Cic. Fam., VIII, 14). Целий Руф, регулярно писавший письма находящемуся в Киликии Цицерону, информируя его о событиях в Риме, всерьез опасается гражданской войны, а настроения Помпея становятся все более решительными. Была сделана попытка давления на Куриона: цензор Аппий Клавдий собирался вычеркнуть его из списков сенаторов, но второй цензор, тесть Цезаря Л. Кальпурний Пизон, этому помешал. Новым фактором конфликта стали выборы в консулы 49 г., на которых баллотировались два помпеянца, Гней Корнелий Лентул и Г. Клавдий Марцелл, и легат Цезаря Сер, Сульпиций Гальба. Гай Клавдий Марцелл был братом Марка, консула 51 г., а Гней Корнелий Лентул Крус, видимо, брат Лентула Синтера, служил в Испании под началом Помпея. В 61 г. он был главным обвинителем Клодия в святотатстве (Cic. de har. resp. 37), а в 58 г, стал претором. Лентул был ярым врагом Цезаря и одним из лидеров «военной партии». По сообщению Гарция, Гальба набрал больше голосов, чем его соперники (Hirt. VIII, 50). Не совсем ясно, стал ли он жертвой римской избирательной системы, при которой подсчет шел по округам, а не по абсолютному числу выборщиков, или же имела место прямая фальсификация результатов, что также вполне возможно. Впервые за довольно долгое время помпеянцы могли контролировать оба консульских места.
Трудно сказать, когда начался набор войск. Хотя официально помпеянцы объявили о нем в декабре 50 г. или в январе 49, реально он, несомненно начался раньше. К февралю 49 г. помпеянцы располагали 116 когортами: 5 легионов Помпея (2 из них взяты у Цезаря), 7 когорт Минуция в Игувии, 3 — в Ауксиме у Аттия Вара, 10 — в Аускуле у Лентула Спинтера, 30 — в Корфинии у Домиция Агенобарба, 7 — в Сульмоне, 6 — в Альбе и 3 Таррацине под началом Кв. Лукреция, Л. Манлия и Рутилия Руфа (Caes. В.С. I, 12; 13; 15; 17–18; Cic. Att., IX, 6, 2). Набрать такие силы даже за два месяца было бы достаточно сложно. Войска были готовы оборонять Италию и даже действовать против галльской армии. Так или иначе, факт набора показывает постепенную подготовку переворота и гражданской войны, тем более, что войска находились под командованием надежных помпеянских и оптиматских военачальников, как правило, отобранных по принципу враждебности Цезарю.
Цезарь предпринял последние шаги для избежания конфликта. Галльская армия была рассредоточена двумя военными группировками. Четыре легиона Требония находились в Бельгике, а четыре легиона Фабия — в области эдуев. В Цизальпийской Галлии стоял один, 13 легион (Hirt., VII, 4). Сама эта группировка не была предназначена для активного наступления, хотя Цезарь мог достаточно быстро изменить дислокацию.