Щелоков принял органы внутренних дел в бедственном положении — катастрофически не хватало профессионалов. Люди не шли в МВД: мешали низкие зарплаты и непрестижность службы.
«Я рассказал Николаю Анисимовичу, — вспоминал генерал милиции Олег Иванович Морозов, занимавшийся в министерстве кадрами, — в каких тяжких условиях живут молодые сотрудники. Зарплата не превышает шестидесяти рублей в месяц. В общежитиях не хватает мест, некоторые милиционеры спят по очереди или на двухъярусных койках. Не в лучшем положении находятся и молодые офицеры».
Министерство внутренних дел — это настоящая империя. В нее входили четыре с половиной тысячи городских и районных отделов внутренних дел. Не так-то просто руководить такой махиной, заставить ее слушаться. Щелокову это удалось. Более того, в министерстве Щелокова даже любили, а ветераны и по сей день говорят, что он был лучшим министром за всю историю ведомства. Николай Анисимович никого не прижимал, давал людям волю. Зарплату увеличил и добился, чтобы за звание офицерам милиции платили столько же, сколько и офицерам вооруженных сил.
«То, что не могли сделать его предшественники, сделал он, — вспоминал бывший начальник уголовного розыска страны профессор Игорь Иванович Карпец. — Могут сказать: что ж тут особенного, он же «выходил прямо на Брежнева». На это можно ответить: «выходили» на Брежнева многие, однако преимущественно для себя, Щелоков же, не забывая себя, много сделал для министерства».
Николай Анисимович был человеком доступным и открытым, поддерживал и продвигал профессионалов, тех, кто способен был предложить новые и неожиданные идеи. «Интеллигентный, обаятельный человек с великолепной военной выправкой, который сразу располагал к себе вниманием и обходительностью», — таким увидел его один из милицейских генералов.
Щелоков был снисходителен к подчиненным. Среди его заместителей был очень толковый человек, но злоупотреблявший алкоголем. Если во время заседания коллегии он сидел мрачнее тучи и вдруг просил у министра разрешения выйти, то все понимали, что заместителю министра необходимо выпить. Генерал заходил в свой кабинет, доставал из сейфа бутылку коньяка, выпивал стакан и возвращался в зал коллегии в отличном настроении.
Деятельность Щелокова в МВД складывалась из двух этапов. На первом Николай Анисимович очень серьезно отнесся к новому делу. Он пытался устроить работу правоохранительных органов на современный лад и не отвергал с порога иностранный опыт, понимая, что у западных стран есть чему поучиться. На втором этапе он только наслаждался высокой должностью и занимался устройством своего быта, в чем весьма преуспел.
Щелоков пытался модернизировать доставшееся ему ведомство. Он прислушивался к профессионалам, способным предложить новые и прогрессивные идеи. Он хотел, чтобы в криминалистике учитывались последние достижения науки. При нем появилась новая спецтехника, так называемые «чемоданчики следователя», которые позволяли квалифицированно проводить осмотр места преступления.
Он создал Штаб МВД, который потом сгоряча ликвидировал сменивший его на посту министра Виталий Федорчук. В штабе появился организационно-аналитический отдел, который занимался анализом преступности в стране и искал научно обоснованные пути борьбы с ней. В те годы Министерство внутренних дел состояло из главных управлений милиции, мест заключения, внутренних войск, пожарной охраны и следственного управления. Структура была неуправляемой. В конце 1968 года в министерстве началась большая реформа. На базе единого главного управления милиции создавались восемь самостоятельных управлений, в том числе главное управление уголовного розыска.
Щелоков питал слабость к людям с научными степенями. Его любимцем и ближайшим сотрудником был начальник штаба генерал Сергей Крылов. Щелоков в нем души не чаял.
В 1969 году Николай Анисимович прилетел на Сахалин. Министра повезли отдыхать в резиденцию, а сопровождавший его Крылов поехал в областное управление внутренних дел. Он вызвал стенографистку и машинисток - почти сутки готовил выступление министра в обкоме, где собрали все руководство области.
«Доклад министра, — вспоминал заместитель начальника областного управления внутренних дел полковник Глеб Георгиевский, — произвел на участников совещания большое впечатление, поскольку содержал грамотный, глубокий анализ экономики области и оперативной обстановки».
Крылов не только писал Щелокову доклады, но и пытался перевести работу министерства на современные рельсы.
— Тот, кто рекомендовал министру Крылова, — рассказывал генерал Владимир Статкус, бывший заместитель начальника следственного управления МВД, — оказал Щелокову огромную услугу. Человек огромной энергии, Крылов умел пробивать свои идеи и собирать вокруг себя единомышленников.
Сергей Крылов привел в министерство молодых и талантливых людей, они генерировали идеи, которые министр с удовольствием поддерживал.