Рекомендовав устранить недоработки, Госкомиссия приняла решение запустить пассивный корабль № 1 в одиночный полет. Старт должен был состояться 14 декабря 1966 года. В момент запуска ракеты-носителя произошло автоматическое отключение двигателей. Поступила команда на отбой и осмотр ракеты. Примерно через 27 минут самопроизвольно сработала система аварийного спасения, отстрелившая спускаемый аппарат, который благополучно приземлился в 300 м от комплекса. Последствия этого сбоя оказались гораздо серьезнее: струи двигателя системы аварийного спасения вызвали пожар на ракете – та взорвалась, до основания разрушив 31-ю площадку полигона. Погиб офицер из стартового расчета. Жертв могло быть гораздо больше, но, к счастью, фермы обслуживания еще не были сведены и специалисты не успели на них подняться.
Из-за проблем с первыми кораблями программа испытаний была изменена. Следующий «Союз» был срочно переоборудован из пилотируемого в беспилотный. Запуск «7К-ОК(П)» № 3, получивший официальное обозначение «Космос-140», состоялся 7 февраля 1967 года с 1-й площадки. В ходе двухсуточного полета тестировались системы корабля и двигатели, причем были обнаружены сбои в работе солнечно-звездной ориентации, а спускаемый аппарат «Союза» приземлился в нерасчетном районе – на лед Аральского моря. Через некоторое время аппарат затонул, и его пришлось извлекать с помощью водолазов. При осмотре выяснилось, что днище спускаемого аппарата в центральной части проплавилось и разгерметизация произошла еще во время входа в атмосферу – в пилотируемом варианте такое разрушение привело бы к гибели экипажа.
Результаты трех беспилотных запусков показали, что корабль «Союз» еще очень «сырой». Его следовало дорабатывать и проводить новые беспилотные запуски. И тут случилось невероятное – большинство руководителей программы высказались за переход к пилотируемым полетам! Очевидно, сыграл свою роль политический фактор: партийное руководство требовало в преддверии 50-летия Великой Октябрьской революции возобновить полеты космонавтов, ведь их не производили два года, что вызвало пересуды в западной прессе и стало сказываться на репутации СССР как ведущей космической державы. Больше того, на совещаниях было высказано мнение, что наличие пилота в кабине «Союза» повысит надежность системы – он в случае чего сможет выступить «ремонтником». Идею поддержали и члены отряда космонавтов, которым нестерпимо хотелось летать.
Генерал-лейтенант Николай Петрович Каманин сделал запись в своем дневнике (цитирую по книге «Скрытый космос: Книга третья», 1999):
К тому времени были окончательно сформированы два экипажа для выполнения первого полета на «Союзах». Основной экипаж: Владимир Комаров, Валерий Быковский, Евгений Хрунов, Алексей Елисеев. Дублирующий экипаж: Юрий Гагарин, Андриян Николаев, Виктор Горбатко, Валерий Кубасов.