Напрасно Сёмин согласился на президентскую должность в родном клубе. Он рассчитывал, что своим непосредственным влиянием сумеет сохранить человеческие и победные традиции «Локо», что его имя еще больше сплотит с командой болельщиков, привлечет на стадион новых. Однако уже в начале своей президентской деятельности экс-наставник железнодорожников горько пожалел о принятом решении. Как ни старался, он не смог предотвратить расправу над ветеранами команды, сыгравшими огромную роль в ее развитии, завоевании чемпионских и кубковых титулов Вадимом Евсеевым, а затем и Дмитрием Лоськовым, которым главный тренер отказал в доверии, прежде всего человеческом. «После всего пережитого с командой так уходить больно и обидно», — признавался Лоськов. Тут следует вспомнить фразу бывшего президента ОАО «РЖД» Геннадия Фадеева, который гордился многолетним отсутствием скандалов, каким-либо краем связанных с «Локомотивом». И Лоськов подтверждал: «За мои десять с половиной сезонов в "Локомотиве" не было ни интриг, ни скандалов». При новом руководстве позора 2007 года хватит лет на пять вперед. Едва ли не каждая установка на игру или послематчевая пресс-конференция Бышовца в значительной степени посвящалась борьбе с какими-то мифическими врагами, главный из которых вслух не назывался, но все понимали, что речь идет в первую очередь о Сёмине.
Однако как ни пытался главный тренер, на первых порах поощряемый Липатовым, втянуть в эти передряги Сёмина, тот не поддавался. И на роль вредителя созданного своими руками клуба в глазах общественности никак не тянул. Да, он имел собственное мнение об игре и происходящем в команде, но мог высказать его в узкой компании друзей, и за весь сезон ни словом, ни даже намеком не обмолвился на публике, в прессе о своей неприязни к Бышовцу. Между тем у болельщиков стали отбирать баннеры в поддержку Сёмина, считая, что это он нагнетает обстановку на трибунах, хотя для всех приверженцев «Локомотива» именно Сёмин был гарантом победных результатов, которых при новом руководстве команда на-гора не выдавала. Объяснения самого Сёмина, что никто локомотивскими фанами не руководит, что они вправе высказывать свое собственное мнение, не принимались. В клубе, в команде нагнеталась истерия, которая, мягко говоря, не способствовала турнирным успехам.
Из клуба увольнялись специалисты своего дела только за то, что были, как считал Липатов, «людьми Сёмина», и в то же время раздувались штаты за счет новых приглашенных, большинство из которых раньше в футболе не то что не работало, а имело о нем весьма отдаленное представление. Той всеобщей преданности сотрудников клуба его флагу, стремления и умения внести собственный максимальный вклад в общее дело остается все меньше и меньше. А о «несении службы» некоторыми новыми «специалистами» уже пошли анекдоты. Ветераны «Локо» рассказывали, как во время их традиционного сбора для получения материальной поддержки со стороны ФК «Локомотив» в зал вдруг ворвался руководитель одного из департаментов клуба, вырвал у девушки букет, вручил его очередному ветерану, потом другому, третьему и, довольный выполненной на глазах у начальства «работой», отправился восвояси. Подобная показуха становится все более типичной для ФК «Локомотив».
Президент клуба был отстранен от решения кадровых вопросов, его функциональные обязанности председатель совета директоров обрисовал четко.
«У Юрия Павловича открылись более масштабные возможности. Его полномочия стали гораздо серьезнее, — наводил в прессе тень на плетень Липатов. — Юрий Павлович, который достиг многого на своем поприще в клубе "Локомотив", сегодня работает на долгосрочную перспективу. То есть, скажем, на пять — лет. У него есть возможность воспитывать молодежь, влиять на строительство полей, на открытие детских спортивных школ, наведение в них порядка. Вот что такое для нас сегодня Юрий Павлович!»
О каком-либо влиянии президента клуба на внутренние дела команды в этом монологе ни слова. Однако мимоходом в своих интервью Липатов замечал, что, например, при обсуждении трансферов Сёмин не имеет права вето, которым обладали только он сам и главный тренер. Остается только поражаться: неужели специалисты «Транстелекома» разбираются в игроках лучше, чем человек, который построил ныне получивший европейскую известность «Локомотив», отдавший футболу почти всю свою жизнь?
Даже многие игроки понимали: какой бы порядок ни навел Сёмин в детских спортивных школах, его судьба, пока всеми делами в клубе вершит Липатов, предрешена. Правда, была надежда, что за отсутствие результата в конце сезона вместе с Бышовцем лишится своей футбольной должности и председатель совета директоров, совета, который существовал лишь на бумаге, но почти не собирался. Все судьбоносные решения его председатель принимал единолично. Но изощренный в кабинетных интригах Липатов так сумел представить дело своему руководству, что вместо него загремел под фанфары не имевший возможности влиять на команду и ее результаты президент.