Императорская чета отправила в Африку еще одного родственника — Ареовинда, мужа племянницы императора Прейекты (сестры будущего Юстина II). Но тот не имел опыта в военном деле, и мятежники разгромили один из приданных ему отрядов; правда, в этой стычке получил смертельную рану Стоца (545 год). Поскольку жалобы на Сергия не прекращались, Юстиниан все-таки заменил его на Ареовинда. Спустя пару месяцев случился новый солдатский бунт во главе с дуксом Нумидии Гонтарисом. Ареовинда схватили и казнили, а буквально через месяц был убит своими сообщниками и сам Гонтарис вместе с новой верхушкой мятежников; это произошло в мае 546 года. Лишь с предоставлением поста магистра войск Африки Иоанну Троглите в ее провинциях стало спокойнее.
В продолжение курса на доминирование строгого православия император, как и на заре правления, издавал в 541–545 годах новеллы, воспрещавшие еретикам свободу религиозных собраний и поражавшие их в гражданских правах. Все было в неизменной логике Юстиниана: раз императору дарована власть блюсти законы, он не может не пользоваться ею для пресечения столь омерзительной вещи, как инакомыслие в делах веры. Разумеется, он считал несправедливым то, что еретики будут пользоваться теми же правами, что и православные! И поскольку первые делают «работу дьявола», он, православный император, и возглавляемое им государство должны им всемерно противостоять. Сказанное не касалось монофиситов, которым, как мы помним, покровительствовала императрица. Они вольготно чувствовали себя не только в египетской Александрии, но и в столице. В их распоряжении по-прежнему был дворец Хормизда, а также большой монастырь в Сиках-Юстинианополе, на другом берегу Золотого Рога.
В этот самый момент кесарийский епископ Феодор Аскида предложил императору рассмотреть проблему, которой ранее не уделяли должного внимания. Столетие назад три епископа (Феодор, Феодорит и Ива) допустили в своих сочинениях высказывания, близкие к несторианской ереси. IV Вселенский собор не принял их точек зрения, но и не осудил этих людей лично (все трое были авторитетнейшими богословами своего времени). Аскида посоветовал Юстиниану написать сочинение и против этих «трех глав». Почему он это сделал — то ли искренне радея о православии, то ли стремясь отвлечь императора от полемики с оригенистами (к которым принадлежал сам), — уже вторично. Важно то, что Юстиниан «загорелся», принялся мыслить и писать. Он пришел к выводу о необходимости безусловного осуждения «трех глав» и издал в 545 году на имя патриарха Мины соответствующий эдикт («In damnationem trium capitulorum»). Осуждением «трех глав» Юстиниан готовил почву для компромисса с монофиситами: он хотел выбить почву из-под ног тех критиков, которые говорили, что Халкидонский собор потворствовал несторианам. Василевс жаждал единства — пусть даже ценой уступок «по икономии», в вопросах, которые он считал не главными. Быть может, он надеялся, что в таком «подправленном» виде монофиситы примут Халкидонский собор — или, по крайней мере, сделают к этому шаг.
В итоге все четыре патриарха (Константинополя, Антиохии, Александрии и Иерусалима) с колебаниями и под давлением, но поддержали Юстиниана. А вот западная церковь — нет. Против эдикта резко высказались папский апокрисиарий в Константинополе, ряд авторитетных западных епископов и богословов. К противникам императора присоединился Вигилий. Тотила в тот момент готовился штурмовать Рим. То ли сам, опасаясь готов, то ли принуждаемый византийцами, Вигилий еще до эдикта о «трех главах» отбыл на Сицилию в надежде пересидеть смутные времена. Узнав о письме императора, папа начал активно переписываться с западными богословами, включая африканских, — убеждаясь, что позиция Юстиниана и мнения этих уважаемых людей расходятся. В числе противников точки зрения василевса ромеев оказался диакон Фульгенций Ферранд, один из крупнейших богословов Африки и всего латинского Запада. В письме римским диаконам Пелагию и Анатолию он упрекнул Юстиниана в том, что он-де пытается, заручившись множеством подписей, придать собственной книге авторитет, подобающий только каноническим источникам. Иными словами, Ферранд считал, что Юстиниан просто использует административный ресурс для возвеличивания себя как богослова.