Опираясь на Боярскую думу и пользуясь своим влиянием на великую княгиню, Овчина-Телепнев-Оболенский меньше чем за год смог фактически ликвидировать Совет опекунов и вместе с Еленой стал правителем государства.
Уничтожение опекунского совета началось со ссоры между Овчиной и дядей великой княгини — Михаилом Глинским. Согласно рассказу современника, Михаил Глинский, недовольный греховной страстью Елены к Овчине-Телепневу-Оболенскому, потребовал, чтобы она порвала с любовником. Елена, дорожившая Овчиной и тяготившаяся властью опекунов, сделала вид, что верит ходившим слухам, будто бы ее дядя отравил Василия III, а саму Елену с сыновьями хотел выдать полякам. Несмотря на родство, она позволила Овчине заточить Глинского в темницу, где тот вскоре умер.
Михаил Юрьев тоже был арестован, Михаил Воронцов выслан из Москвы.
Еще один член Совета опекунов Андрей Старицкий, младший брат покойного великого князя, почувствовав опасность, покинул Москву и уехал в свой удельный город Старицу. Однако Елена тоже опасалась своего деверя. По совету Овчины она потребовала возвращения князя Старицкого в Москву, намереваясь и его заключить в темницу. Князь Старицкий сказался больным. «Неужели велит государь влачить меня отсюда на носилках?» — писал он Елене. Однако сторонники Елены известили ее, что болезнь Андрея притворная и что он задумал бежать в Литву.
Это уже расценивалось как государственная измена. В Старицу было отправлено войско, чтобы захватить князя, как преступника.
На свою беду Андрей Старицкий, желая показать свою покорность юному великому князю, незадолго до этого отправил на государеву службу почти все свои полки и остался без всякой защиты.
Узнав о приближении правительственных войск, князь Андрей с женой и сыном бежал из Старицы в Торжок и попытался взбунтовать новгородцев. «Князь великий мал, — заявил он, — держат государство бояре, а яз готов вас жаловати». Однако очень немногие согласились поддержать Старицкого князя.
Князь Андрей вывел свое немногочисленное войско против явно превосходящего по силе войска Овчины, но вступить в бой не решился, а начал переговоры.
Овчина от лица Елены и юного великого князя торжественно пообещал ему помилование, если он лично покается перед невесткой. Князь Старицкий отправился в Москву. Однако Елена вероломно заявила, что Овчина обещал князю помилование, не спросив ее согласия. Андрей Старицкий был заточен в тюрьму, где через полгода скончался.
Таким образом, большая часть Совета опекунов была ликвидирована. Оставшиеся его члены утратили всякую власть. Наступило время правления Елены Глинской и Овчины-Телепнева-Оболенского.
Правление это было ознаменовано рядом достаточно значительных государственных мероприятий. При Елене Глинской была произведена денежная реформа. (В частности, именно тогда монеты с изображением всадника, вооруженного саблей — «сабляницы», были вытеснены монетами с изображением всадника с копьем — «копейками».)
Во время правления Елены в Москве побывали послы шведского короля Густава Вазы и было заключено шестидесятилетнее перемирие со Швецией, кроме того, были упрочены связи России с Ливонией, Молдавией, Ногайским и Астраханским ханствами.
При Елене же Глинской в Москве в 1535–1538 годах возвели вторую линию укреплений — Китайгородскую стену, включившую в себя Великий посад.
Бояре ненавидели Елену, называли ее чародейкой. Когда в 1538 году она умерла, ходили слухи, что ее отравили. Карамзин пишет: «Бояре и народ не изъявили, кажется, ни самой притворной горести». Оплакивали княгиню только сын и Овчина.
После смерти Елены власть вернулась в руки оставшихся в живых членов опекунского совета — князей Шуйских, бояр Юрьева и Тучкова.
Шуйские принадлежали к одному из старейших и знатнейших боярских родов. Юрьев и Тучков не обладали равной им знатностью, а выдвинулись благодаря своим заслугам перед Василием III. Шуйские отправили в ссылку Тучкова, а его племянник Юрьев вскоре умер.
Шуйские стали фактическими правителями государства. Первым делом они расправились с ненавистным им Овчиной. На седьмой день после кончины Елены Овчина был схвачен и заточен в тюрьму. Его сестра — Агриппина Челяднина, мамка Ивана — была сослана в Каргополь, хотя юный великий князь со слезами и воплями требовал не лишать его мамки, к которой он был привязан, почти как к матери. Овчина в тюрьме был уморен голодом.
Приход к власти Шуйских вызвал новую распрю между боярами. Одно из главенствующих мест в Боярской думе занимали бояре Бельские, не уступавшие Шуйским в знатности.
Однако еще в начале правления Елены Глинской один из Бельских — Семен — навлек на себя подозрения в сочувствии планам Юрия Дмитровского и, страшась наказания, бежал в Литву. Его брат Иван был заключен в тюрьму, и только старший из братьев — Дмитрий был признан невиновным и оставался в Думе.