Неизвестно, какой именно этап противостояния боярских группировок застал вернувшийся в Москву Иван Федоров.
Борьба между боярами сотрясала всю Москву, ее отголоски были хорошо слышны всем без исключения. Несомненно, Иван Федоров, как и все простые москвичи, с тревогой и нетерпением ожидал известий о последних событиях при великокняжьем дворе, обсуждал их с соседями и знакомыми, гадал, к добру или к худу может привести та или иная перемена.
(Но его обычная, повседневная жизнь, независимо от политических катаклизмов, текла своим чередом.)
Ивану Федорову в то время было около двадцати пяти — тридцати лет. Вернувшись в Москву, он принял сан дьякона, а перед этим — женился. Женитьба была непременным условием получения сана, ибо по законам православной церкви священнослужитель всякого чина должен был непременно состоять в браке. О жене Ивана Федорова не сохранилось никаких сведений, неизвестно даже ее имя. Вероятно, брак долгое время был бездетным или рождавшиеся дети умирали во младенчестве, поскольку единственный сын Ивана Федорова, дальнейшая судьба которого известна, тоже Иван, родился только в середине 1550-х годов.
Местом дьяконской службы Ивана Федорова стал храм Святого Николы Гостунского в Кремле. Трудно сказать, было ли назначение будущего первопечатника именно в этот — кремлевский — храм знаком отличия. Кремль в те времена не противостоял остальному городу, внутри кремлевских стен наряду с представителями государственной и церковной власти — великим князем и митрополитом жили люди самого разного состояния — бояре, купцы, их многочисленная дворня, так что приходы большинства церквей в Кремле не слишком отличались от приходов церквей за его пределами.
Дьяконство в храме Николы Гостунского — первый достоверный, документально зафиксированный факт из жизни первопечатника, причем сообщенный им самим — в послесловии к «Апостолу» Иван Федоров называет себя «Николы чудотворца Гостунского диакон».
Храм Николы Гостунского располагался близ Ивановской площади, по левой стороне улицы, идущей от Фроловских ворот к колокольне Ивана Великого.
Изначально этот храм, заложенный в 1477 году, был построен из дерева. Предание рассказывает, что во времена татаро-монгольского ига на месте будущего храма находилось Ордынское подворье, на котором жили представители золотоордынского хана, наблюдавшие за всем, что происходило в Москве, и доносившие об увиденном своему господину. Жена Ивана III, византийская царевна Софья Палеолог, посчитала присутствие соглядатаев близ великокняжьего дворца оскорбительным для великого князя и придумала дипломатичный способ избавиться от соседства с ордынцами. Она отправила лично от себя посольство в Золотую Орду к ханской жене с богатыми дарами и письмом. В письме великая княгиня просила ханшу уступить ей землю Ордынского подворья в обмен на строения, расположенные в другом месте. Свою просьбу Софья объяснила тем, что во сне ей явился Николай-угодник и повелел построить храм именно там, где сейчас стоит Ордынское подворье. Ханша убедила мужа уважить просьбу великой княгини, строения Ордынского подворья снесли, а на их месте построили деревянный — из елового леса — храм во имя святого Николая-угодника. Поскольку храм строился по инициативе великой княгини, особый интерес к постройке проявили женщины, на строительство они пожертвовали много льна и домотканых полотен, из-за чего храм получил народное прозвание Николы Льняного.
В 1506 году Василий III повелел заложить на месте деревянного храма новый — из кирпича. Кирпичная постройка была возведена всего за девять недель. Великий князь поставил в новом храме чудотворную икону Николы Гостунского, привезенную из села Гостуни близ Калуги и по великокняжьему распоряжению украшенную золотом и драгоценными каменьями. Василий особенно почитал эту икону и, умирая, пожелал, чтобы именно ею митрополит благословил его перед смертью. По этой иконе храм стали называть храмом Николы Гостунского[2].
Храм пользовался большой популярностью среди москвичей, от чудотворной иконы многие страдающие разными недугами получали исцеление; кроме того, Николу Гостунского почитали покровителем вступающих в брак, и помолиться ему приходили сговоренные женихи и невесты со всей Москвы. К храму по тогдашнему обычаю были приписаны свои, «записные» нищие — двенадцать поповских вдов. Протопопом — главным священником храма — был отец Михаил, человек образованный и любящий книги, вероятно, у Ивана Федорова сложились с ним дружеские отношения.
Иван Федоров исправно исполнял свои дьяконские обязанности.