Кроме того, Ходкевич проявил себя и как искусный дипломат. На одном из этапов войны Сигизмунд-Август оказался заинтересованным в перемирии, однако не хотел напрямую обращаться к Ивану Грозному. Тогда Ходкевич отправил одному из приближенных царя, Юрьевскому воеводе Ивану Петровичу Федорову-Челяднину, якобы частное письмо, в котором писал, как было бы хорошо, если бы Русь с Литвой замирились, и по-приятельски советовал Федорову-Челяднину: «Ты намовляй государя своего, а я своего государя намовляти буду, иж бы они в любовь и в мир совокупилися, а промеж собою крови христиански не проливали». Как и рассчитывали Сигизмунд-Август и Ходкевич, Федоров-Челяднин, опасаясь, что его обвинят в тайной переписке с врагами, немедленно сообщил об этом письме Ивану Грозному. Царь, также заинтересованный в перемирии, велел воеводе продолжить переписку с Ходкевичем и стал лично ее контролировать. В силу разных обстоятельств перемирие не было заключено, и военные действия возобновились, но у Ивана Грозного сложилось самое лучшее впечатление о Ходкевиче. В последующие несколько лет Москва и Литва регулярно обменивались посольствами и, согласно этикету, Иван Грозный в посланиях к Сигизмунду-Августу каждый раз передавал приветы наиболее влиятельным магнатам, в том числе и Ходкевичу.
Когда в Москве наступили мрачные времена опричнины, Литва решила воспользоваться ужасом, в который были повержены москвичи. В 1567 году Ходкевич с ведома Сигизмунда-Августа отправил нескольким видным московским боярам письма, в которых предлагал им, дабы избавиться от опасного и неопределенного положения, в котором те оказались, «отъехать» от царя и перейти под «королевскую руку». Однако об этих письмах стало известно Ивану Грозному. Разгневанный царь пишет Ходкевичу резкое письмо, полное самых энергичных ругательств. Он называет гетмана «бешеной собакой», «скурвиным сыном», обвиняет его в склонности к лютеранству: «от Бога отступился и против Бога с антихристом учинился».
Последнее обвинение было совершенно несправедливо. Ходкевич был ярым приверженцем и защитником православия. Причем защита православной веры была для Ходкевича вопросом не только религии, но и политики. Усилившееся в то время сближение Великого княжества Литовского с Польшей грозило положить конец вольности магнатов. В их среде возникает мощная антипольская оппозиция, одним из руководителей которой стал Ходкевич. Это движение шло под знаменем защиты православной веры от навязываемого поляками католичества. Для пропаганды православия были нужны православные книги, поэтому приезд московских печатников оказался как нельзя более кстати.
О создании типографии Ходкевич задумывался давно. Еще в 1561 году он отправил в Москву образованного монаха Исайю, «родом русина от области Киевския, родился в Каменцы-Подольском», чтобы тот привез выверенные оригиналы религиозных текстов. Ходкевич рассчитывал, что Исайя сможет получить из «царской книгохранильницы» Библию «по нашему языку русскому словенскому на спись слово в слово», чтобы ее «в нашем государстве христианском русском Великом княжестве Литовском выдати тиснением печатным нашему народу христианскому русскому литовскому, да и русскому московскому, да и повсюду всем православным христианам».
Однако по приезде в Москву Исайя был заподозрен в «латинской ереси», отправлен в Ростов и заточен в тюрьму. В «Плаче из ростовской тюрьмы» — послании, отправленном Исайей Ивану Грозному, несчастный монах горько сетует, что «сия темница тесна, темна и уныния исполнена». (Исайя провел в заточении более двадцати лет. Лишь в 1582 году Иван Грозный вспомнил о нем, приказал привезти в Москву и беседовал с ним «из уст в уста» о различных ученых и богословских материях. Вероятно, монаху удалось убедить царя в своей невиновности, он надеялся «бытии отпущен во свояси в Литву», но этому помешали военные действия, и Исайя окончил свои дни в Москве.)
Несмотря на провал миссии Исайи, Ходкевич продолжал мечтать о создании типографии, и приезд московских типографов воспринял как большую удачу. Иван Федоров отмечал, какой заботой окружили их с Петром Мстиславцем в Заблудове: «От его милости пана Григория Ходкевича всякими потребами телесными пищею и одеждою удоволены бех».
Городок Заблудов — резиденция Ходкевича — находился в 200 верстах от Вильны (ныне на территории восточной Польши). Там стоял гетманский замок, а незадолго до приезда Ивана Федорова Ходкевич построил в Заблудове церковь во имя Успения Богородицы и Святого Николая и учредил при ней больницу «для убогих людей». Священником этой церкви был протопоп Нестор, с которым у Ивана Федорова завязались дружеские отношения, продолжавшиеся до конца жизни первопечатника. Нестор помогал Ходкевичу в его начинаниях, позже распространял книги, напечатанные Иваном Федоровым.