Делу младших Рюриковичей, таким образом, угрожала опасность в борьбе, которая с 1538 по 1543 г. сделала Москву местом насилий и кровопролития. Только антагонизм между соперничавшими родами Шуйских и Бельских и их жестокое взаимоистребление спасли самого Ивана и сохранили в целости его владения. Однако ему в детстве пришлось пережить ужасные испытания. Опьяненные торжеством победы, Шуйские забывали всякую меру. Они расхищали сокровища царя, разыгрывая роль полновластных хозяев. После смерти Василия Васильевича во главе Шуйских стал Иван. Он забывал уважение к государю. «Бывало, в моем присутствии кладет обутые в сапоги ноги на постель моего отца», писал впоследствии Грозный, вспоминая также, что Шуйский раньше ходил в ветхой шубенке, а теперь ест на золоте. «Ясно, что он этого не получил в наследство от своего отца… А мы какой нужды не натерпелись, лишаясь даже пищи и одежды!» Даже привязанностей молодого государя не щадили. Вслед за кормилицей от него удалили в 1543 г. любимца его, Федора Воронцова. Преследуя его, Шуйские ворвались в одно из помещений кремлевского дворца. Они били его по лицу и угрожали лютой смертью. Только благодаря заступничеству митрополита он остался жив, но был сослан в Кострому. Впрочем, даже митрополичья власть была поколеблена. При каждом новом перевороте восторжествовавшая сторона старалась сменить митрополита. В 1539 году на место Даниила Бельские посадили Иоасафа. В 1542 г. Шуйские снова взяли верх; Иван Бельский был сослан на Белоозеро; его участь должен был разделить и митрополит. Положение областей было лучше. Правление Шуйских в особенности отличалось варварством и беспорядками. Наместники Шуйских вели себя везде, по свидетельству летописцев, «как лютые звери». Исключение представлял только Новгород, где были сторонники Шуйских. Города пустели. Кто мог, спасался бегством. Вызванный еще Василием и поселившийся в России итальянский архитектор Фрязини бежал заграницу и как раз в то время, когда должен был заняться устройством укреплений в Себеже. Дерптскому епископу он объяснял свой поступок тем, что бояре делают жизнь в Московской земле совершенно невыносимой. Бельские показали себя более гуманными и разумными правителями. Во время их непродолжительного господства были сделаны некоторые мероприятия, подготовлявшие будущее самоуправление общин. Но как Шуйские, так и Бельские пользовались властью не иначе, как только злоупотребляя ею.
В то время как государство изнывало под невыносимым гнетом боярской тирании, будущий государь получал печальный урок от окружавших его. Благодаря деяниям бояр, дух насилия в разных формах овладевал воображением и чувствами юноши, проникал в его плоть и кровь. В атмосфере борьбы за власть созревал будущий деспот – мстительный, чрезвычайно нервный, вспыльчивый и жестокий. Уже в играх и забавах с товарищами, которых, к слову сказать, ему выбирали другие, Иван проявлял бесчеловечность, царившую, впрочем, в той среде, которая его окружала. На его глазах мучили людей; он пока еще не мог делать этого и ограничивался животными. Большим удовольствием для него было бросать из высоких теремов дворца собак и смотреть на их предсмертные судороги. Ему не только не мешали предаваться подобным забавам, но еще даже поощряли. Скоро очередь должна была наступить и для людей.
При таком положении вещей было безумием со стороны Шуйских или Бельских надеяться надолго сохранить власть при юном государе. Иван был уже в том возрасте, когда мог вполне сознательно относиться к своему положению. Он видел вокруг себя людей, которые осмеливались постоянно оскорблять его; расхищали его сокровища и ссорились из-за них между собою. Но во время разных официальных церемоний, устраивавшихся по случаю придворных торжеств или приема иностранных послов, те же самые люди рабски пресмыкались пред ним, падая ниц пред его троном.
Иван должен был скоро изо всего этого сделать свой вывод. В сентябре 1543 года он позволил еще сослать Воронцова, но уже в декабре приказал своим псарям схватить самого Андрея Шуйского. Слуги повиновались и даже переусердствовали – они задушили боярина вместо того, чтобы отправить его в темницу. Иван решил, что это было сделано хорошо. Все поняли, что на Руси произошла перемена. Если не изменилось правление, то изменился государь.