Рост аппарата управления, создание постоянных воинских формирований тяжелым бременем ложились на финансовую систему государства. Обстановка настоятельно требовала проведения финансовой реформы. Правительство указало, что для уравнения служебных тягот детей боярских оно решило привести в порядок их землевладение. Мысль о необходимости справедливости и порядка в этой сфере очень занимала самого Ивана. В записке, направленной Стоглавому собору, царь пишет: «Да приговорил своих писцов послать во всю свою землю писать и сметити (обмерять, устанавливать границы) и мои, царя великого, земли, и митрополичьи, и владычьи, и монастырские, и церковные земли, княжеские, и боярские, и вотчинные, и помещичьи, и черные… всякие, чьи ни буди, а измерять пашенные земли и не пашенные, и луга, и лес, и всякие угодья отмечать и писать… для того, чтобы вперед тяжбы не было о водах и о землях: что кому дано, тот тем и владей… и я знаю, чем кого пожаловать, и кто в чем нуждается, и кто с чего служит, и то мне будет известно же, и жилое и пустое». К описанию земель и приступили в 1550–1551 гг. В ходе переписи земель в основных районах русского государства вводилась единая окладная поземельная единица – так называемая «большая соха». (До этого в различных районах страны применялись свои окладные единицы: в Новгороде – обжа; в Пскове – выть; в Перми – сошка и др.) Основанием для поземельной реформы явился опыт введения «большой сохи» в дворцовых владениях в середине 40-х годов. Размер «большой сохи» для разных категорий земель устанавливался неодинаковый и колебался от 600 до 1200 десятин: для земель служилых людей он составлял 800 четвертей «доброй земли» в одном поле; для церковных земель – 600 четвертей; для земель черносошных крестьян – 500 четвертей. Такое обложение фактически означало различную степень тяжести, определявшейся социальной принадлежностью землевладельца.
Социальный смысл реформы виден уже в том, что в самом тяжелом положении оказывались черносошные крестьяне. Наиболее благоприятной она была для светских феодалов, что соответствовало общей линии реформ начала 50-х годов. Писцы при организации переписи руководствовались специальной «Книгой сошному письму», своего рода справочным пособием, в котором указывалось, какие земли и как следует класть в соху, приемы вычисления размеров налогов как с целой «сохи», так и с ее частей. В городах в «соху» включались дворы. Одновременно вводились и дополнительные налоги: на содержание стрельцов – «пищальные деньги»; на выкуп пленных из неволи – «полоняничьи».
Преобразования начала 50-х годов коснулись и церкви. 23 февраля 1551 г. в царских палатах в торжественной обстановке открылся церковный собор. На нем присутствовали иерархи Русской православной церкви во главе с митрополитом, царь, князья, бояре и думные дьяки. Иван IV подверг резкой критике внутрицерковные порядки и моральное состояние служителей церкви. Он указывал, что «попы и церковные причетники в церкви всегда пьяны и без страха стоят и бранятся, и всякие речи неподобные всегда исходят из уст их, и миряне, зря на их бесчиние, гибнут, тако же творят». Иван указывал, что пороки духовенства, небрежное выполнение церковных обрядов вызывают в народе отрицательное отношение к церкви и, соответственно, к царской власти. Государь предложил собору обсудить меры для искоренения непорядков в церковных и мирских делах, обсудить и утвердить Судебник. И действительно, все стороны жизни Русской православной церкви были поставлены на рассмотрение собора: церковное богослужение, епархиальное архиерейское управление и суд, быт духовенства белого, жизнь монастырей и монашества, христианская жизнь мирян, внешнее благочиние – все вошло в круг обсуждения собора. Результатом рассмотрения поставленных царем вопросов стала целая книга «Стоглав» – по определению историка церкви E. Е. Голубинского, «соборное уложение, по которому имели на будущее время производиться церковное управление и совершаться церковный суд».
Прежде всего, речь шла о церковном богослужении и распорядках церковной жизни. Иван IV отмечал большие поборы, взыскивавшиеся при совершении бракосочетания, критиковал судопроизводство в церковном суде (взятки, волокита). Резкой критике подвергался весь строй монашеской жизни. В осторожной форме предлагалось ликвидировать неподсудность монахов и духовенства царскому суду. Но особенно важное значение, имел вопрос о судьбах монастырского землевладения. Иван IV спрашивал: «Достойно ли монастырям…» приобретать земли, получать различные льготные грамоты, когда все это не сказывается благоприятно на положении монахов, ибо «…устроения в монастырях некоторого не прибыло, но даже и старое опустело». Ставился вопрос о лишении денежного воспомоществования тех монастырей и церквей, которые имеют села и доходы по разным статьям.