Царь нередко посещал Новгород, и его отношения к духовенству и особенно к архиепископу не оставляли желать ничего лучшего. Пимен только что гостил в Москве пятнадцать недель и увез с собой значительную сумму денег, дар царя на обновление одного храма. Ничто не предвещало грозы, разразившейся над городом в январе 1570 года. В холодное зимнее время Иван собрался в поход, взяв с собой опричников и целое войско. Уже на границе Тверской губернии началась военная экзекуция, пред которой бледнели ужасы первого ливонского похода. Последовал систематический разгром всей области: от Клина до Новгорода царь оставил за собой пустыню. Второго января его передовые отряды показались под стенами города и окружили его со всех сторон. Пригородные монастыри были преданы разграблению, и около пятисот монахов были уведены. На другой день опричники проникли в город, собрали всех священников и дьяконов и поставили их рядом с монахами на правеж. Их били с утра до вечера, требуя по двадцать рублей выкупа за каждого. Как можно судить по документам, между ними нашлись счастливцы, которые избежали пытки, уплатив требуемую сумму. Других ждала страшная участь. Царские приставы рыскали по домам и сгоняли жителей в место, обнесенное оградой и охраняемое войсками. В пятницу шестого января прибыл сам Иван с сыном и пятьсот стрельцов. Он приказал бить палками до смерти всех монахов, стоявших на правеже. Трупы их были развезены по монастырям и там погребены.
Наступала очередь белого духовенства. В воскресенье утром перед обедней архиепископ вышел с крестным ходом навстречу царю на Волховский мост и собирался благословить его. Иван не принял благословения и назвал его «волком хищным». Но все-таки приказал ему служить обедню у Св. Софии. Он намеревался повторить сцену расправы с Филиппом. Царь принял даже приглашение отобедать у владыки. Он казался веселым и кушал с охотой. Вдруг среди трапезы он громко вскрикнул. По этому знаку опричники принялись исполнять то, что им было заранее приказано. Весь дом архиепископа подвергся разгрому. С него самого сорвали одежду и вместе с челядью бросили в темницу.
В следующие дни террор достиг ужасающих размеров. На главной городской площади было сооружено подобие трибунала, окруженное орудиями пыток. Царь приступил к быстрому суду. Горожан приводили сотнями, пытали, жгли на малом огне с утонченными приемами, затем почти всех приговаривали к смерти и везли топить. Окровавленные жертвы привязывались к саням и их по крутому откосу спускали к быстрине, где Волхов никогда не замерзал. Несчастные погружались в пучину. Младенцев топили, привязав их к матерям. Опричники с пиками стояли на лодках и наблюдали, чтобы никто не спасся.
По словам третьей новгородской летописи, избиение длилось пять недель, и редкие дни на тот свет не отправлялось человек пятьсот-шестьсот. Иногда число жертв возрастало до полутора тысяч в день. Первая псковская летопись говорит, что погибло около 60 000 человек обоего пола. Число это кажется неправдоподобным. Для статистики Ивановых казней можно пользоваться документами, исходящими от него самого. Они согласуются с показаниями Курбского и некоторых летописцев. Документы, о которых идет речь, – это синодики, род поминаний, рассылавшиеся Иваном по монастырям, чтобы монахи молились по убиенным. Подобно Людовику XI, Иван проявление своей свирепости всегда сопровождал педантичным соблюдением обрядовых форм. Что касается Новгорода, то список, сохранившийся в Кирилло-Белозерском монастыре, приводит только полторы тысячи имен. Другой синодик, принадлежащий Спасскому монастырю в Прилуках, говорит нам, что сохранившиеся таким образом имена принадлежали только именитым гражданам. Гуаньино и Одерборн говорят о 2780 убитых новгородцах, не считая простонародья.
Как бы то ни было, отвратительная резня достигла ужасающих размеров, и когда Ивану больше некого было убивать, он обратил свою ярость на неодушевленные предметы. С особым зверством обрушился он сначала на монастыри, предполагая там измену. По той же, вероятно, причине он принялся уничтожать торговлю и промышленность этого большого города. Все лавки в городе и в пригородах, а вместе с ними и дома были разграблены и разрушены до основания. При этом разрушении присутствовал сам царь. Опричники же, если верить летописям, рыскали кругом за 200–250 верст от Новгорода и везде делали то же самое.
Наконец, когда уже больше было нечего уничтожать, Иван приказал привести к нему именитейших новгородцев, оставшихся в живых, по определенному числу душ от каждой улицы. Перепуганные предстали они пред государем, ожидая для себя неслыханных казней. Но царь взглянул на них милостивым оком и обратился с речью, предлагая им отбросить всякий страх и жить мирно, моля Бога о том, чтобы Он хранил царя и его державу от изменников, подобных Пимену.
Это было прощание Грозного с Новгородом. В тот же день он отбыл и увез с собой архиепископа, всех священников и диаконов. Хотя они и не откупились от правежа, но все-таки избежали участи, постигшей монахов.