Как стало известно, уйдя в Порфирьев монастырь, он успел создать там общину еретиков. От нее отпочковалась группа Феодосия Косого, понесла заразу в Новоезерский монастырь. Когда Артемия вызвали на Собор, он вел себя довольно независимо, отвечал уклончиво. Но после первого допроса попытался сбежать из Москвы. Его задержали и взялись уже более строго. Открылось, что он искажал учение о Святой Троице, о загробной жизни, даже был повинен в каких-то «блудных грехах» (может быть, гомосексуализме). В январе 1554 г. Артемия отлучили от церкви и сослали на вечное заточение в Соловецкий монастырь.
А в Москву вслед за ним доставили еретиков из Порфирьева и Новоезерского монастырей. Тут уж выявили «полный набор». Феодосий Косой считал Христа не Богом, а лишь «наставником», утверждал, что мир существует «безначально», живые существа «самобытны», а за Богом оставил лишь функции художника, «подновляющего» мир. Не признавались Святые Таинства, церковь называлась «кумирницей». Отрицались святые, монашество, даже само христианство. Доказывалось, что «все веры в всех землях одинаковы». И царство отрицалось! Управлять людьми и заменять церковь должны были «соборы верных» – таких, как сам Феодосий и Артемий.
Анастасия и партия ее родственников Захарьиных попытались использовать процессы против еретиков, чтобы разделаться с Сильвестром. Против него выступил глава Посольского приказа дьяк Висковатый. Действовал он не сам по себе, материалы для обвинения ему представили Василий Захарьин-Юрьев и Михаил Морозов (свояк Захарьиных). Висковатый подал митрополиту «писанье», что «Башкин с Артемьем советовал, а Артемий с Сильвестром». Но удар был нанесен неумело. Обвинители хотели поразить противника посильнее, и свалили «до кучи» все что можно. В том числе то, что Сильвестр поместил в Благовещенском соборе неканонические иконы. А это легко опровергалось. К тому же получалось, что Висковатый три года видел иконы и молчал, а сейчас вдруг выступил.