Исполнителей нашли. Были арестованы уроженка Польши некая Мария по прозвищу Магдалина и пять ее сыновей. Кстати, прозвище для русских должно было звучать кощунственно. св. равноапостольная Мария Магдалина, близкая ученица Христа, глубоко почитается православными. Это на Западе было принято иронизировать насчет кающейся блудницы. Очевидно, прозвище полячки намекало на ее образ жизни. Но подобная сомнительная особа оказалась близкой к Алексею Адашеву! Нити следствия потянулись к нему и к Сильвестру. Тут уж сопоставили – Анастасия оставалась главной противницей Избранной рады. Но ведь и вчерашние временщики знали, кто укрепляет государя против них! Многие вспоминали, что они относились к царице враждебно, допускали грязные высказывания. Например, после отставки Сильвестра называли ее Евдоксией, по имени византийской императрицы, развратницы и гонительницы св. Иоанна Златоуста – как видим, лидеры Избранной рады скромностью не страдали.
Был составлен суд Боярской думы, царь включил в него и представителей духовенства. Адашев в это время оставался в Эстонии, в Дерпте (Тарту). Узнав о выдвинутых обвинениях, он и Сильвестр просили вызвать их в Москву, чтобы оправдаться лично. Но Захарьины и некоторые другие бояре настояли, что присутствие в столице вчерашних могущественных вельмож, сохранивших многие связи, может быть опасно. Суд подтвердил целый ряд их преступлений: незаконное управление делами от имени царя, злоупотребления, раздача своим «угодникам» чинов и назначений, причастность к попытке переворота в 1553 г., злословия в адрес царицы. Монахи Вассиан Беский и Мисаил Сукин дали показания, ставящие под сомнение православие Сильвестра.
Но главный пункт обвинений, были ли временщики заказчиками убийства, остался недоказанным. Точнее, бояре сочли его недоказанным. «Чаровницу и Алексееву согласницу» Марию с сыновьями казнили. Относительно Сильвестра и Адашева многие судьи считали, что даже известная их вина заслуживает смерти. Но царь на это не пошел, остался выше личной мести. Впоследствии он писал, что за зло, сотворенное ему Сильвестром, намерен судиться с ним не в этом мире, а перед Богом.