Предпринятые по инициативе митрополита шаги не привели тогда к тем последствиям, на которые он рассчитывал, и реально проведение реформ в стране началось с созыва так называемого «собора примирения» 27 февраля 1549 года. На созванном в царских палатах заседании Боярской думы и собора духовенства во главе с митрополитом Макарием царь, констатировав, что «до его царьского возраста» детям боярским со стороны знати «чинилися силы и продажи и обиды великие в землях и в холопех», потребовал, чтобы знатные люди прекратили подобные действия, угрожая в противном случае опалой и наказанием. Вместе с тем царь обещал, что не будет по своей инициативе наказывать бояр за действия, совершенные в прошлом, если они в дальнейшем будут верно ему служить. Одновременно было установлено, что обиженные дети боярские могут обращаться со своими жалобами к государю, и его суд эти жалобы рассмотрит. 29 февраля по решению, принятому тем же собором, «во все городы детем боярьским» были посланы грамоты об их освобождении от суда наместников. Тогда же было принято решение о подготовке нового свода законов — «Судебника». Таким образом, уже первый шаг в проведении реформ показал, что главной своей задачей государственная власть считает установление в стране законности и порядка и что меры, ведущие к этой цели, будут осуществляться с учетом требований, которые в предшествующие годы выдвигали формирующиеся сословия.
С февраля 1549 года в стране стали проводиться многочисленные реформы, во многом изменившие и традиционный облик государственных институтов, и характер отношений этих институтов с формирующимися сословиями.
В настоящее время благодаря усилиям многих исследователей собран большой материал, позволяющий составить представление и об отдельных реформах, и о тех переменах, которые они внесли в жизнь русского государства и общества, но остается много неясного в определении характера и направленности этих реформ. Неясно также, с деятельностью каких политических кругов следует связывать их проведение, имена каких государственных деятелей должны быть названы как имена творцов этих реформ.
Обычно чаще всего в этой связи называют имена Сильвестра и Алексея Адашева. Им действительно принадлежала важная роль в проведении реформ. Судя по всему, именно они убедили царя в том, что реформы необходимы, а без этого важного условия весьма трудно было бы рассчитывать на их осуществление. Однако у нас нет никаких оснований полагать, что от них исходил и сам план реформ и что они сыграли главную роль в его осуществлении: ни простой священник Сильвестр, ни костромской сын боярский Алексей Адашев не обладали, кроме всего прочего, необходимым для этого влиянием и авторитетом.
Гораздо больше оснований видеть главного инициатора реформ в митрополите Макарий, однако ряд фактов явно противоречит такому заключению. Целый ряд мер, предпринятых правительством в 50-х годах XVI века, был явно направлен против податных привилегий церкви и церковного землевладения и вызвал острую враждебную реакцию митрополита. Таким образом, мы не имеем возможности указать какого-либо конкретного политического деятеля, которого можно было бы считать «творцом» реформ 50-х годов.
Стоит, однако, отметить, что начало реформ сопровождалось резким увеличением размеров главного органа управления государством — Боярской думы. Если ко времени московского восстания 1547 года в Думе заседало всего 15 бояр и 3 окольничих, то к концу 1549 — началу 1550 года в Думе насчитывалось уже 32 боярина и 9 окольничих. Очевидно, что проведению реформ предшествовала консолидация правящей элиты; представители ранее враждовавших между собой боярских кланов вошли в состав главного органа государственного управления для проведения политики, которую есть основания считать плодом коллективных усилий всей правящей элиты Русского государства.
Разбирая известия о первом шаге по пути реформ — так называемом «соборе примирения», мы уже имели возможность отметить, что преобразования начались с реформы системы управления, идущей навстречу требованиям дворянства. В последующие годы эта политика получила свое продолжение. Практика передачи расследования дел о разбоях и наказаниях разбойников в руки выборных представителей уездной дворянской организации — «города», начавшаяся уже в годы боярского правления, получила в 50-е годы XVI века повсеместное распространение. При этом круг их обязанностей заметно расширился, явно выйдя за рамки полицейских функций. Примером может служить приговор Боярской думы от 22 августа 1556 года, возлагавший на губных старост обязанность «беречи накрепко, чтоб у них пустых мест и насилства християном от силных людей не было». Те обязанности, которые ранее ложились на плечи государственных чиновников, постепенно переходили в руки выборных представителей местного дворянского «общества».