Государственная власть нашла нужным пойти навстречу и тем требованиям реформы управления, которые раздавались со стороны посадского населения и черносошных (государственных) крестьян. С начала 50-х годов государство приступило к проведению так называемой «земской реформы», осуществление которой на основной территории страны было завершено в 1555—1556 годах. Старая система управления с помощью наместников и волостелей была ликвидирована. Суд и управление населением перешли в руки земских старост — выборных представителей посадских городских общин и деревенских волостей. И здесь, таким образом, ряд важных функций, выполнявшихся до этого представителями государственной власти, перешел в руки сословных органов самоуправления.
Этим переменам сопутствовали другие важные изменения, касающиеся взаимоотношений государства и формирующегося городского сословия — посадских людей. Именно в середине XVI века получило законодательное закрепление такое важнейшее сословное право посадских людей, как монополия на занятие торговлей и ремеслом на территории города. Владения частных собственников на территории города сохранялись, но в них не могли жить торговцы и ремесленники. 91-я статья принятого в 1550 году «Судебника» устанавливала: «А торговым людем городским в монастырях не жити, а жити им в городских дворах, а которые торговые люди учнут жити на монастырех и тех с монастырей сводити». Хотя это установление и не удалось полностью осуществить на практике, его принятие стало важным шагом по пути формирования городского сословия. Существенно при этом, что за посадскими людьми признавалось право активно отстаивать монополию посадской городской общины на занятие торговлей и ремеслом. В описании города Серпухова 1552 года перечень монастырских дворов на территории города сопровождается следующим комментарием: «А которые городцкие люди торговые и мастеровые учнут в тех дворех жити и серпуховскому сотцкому и всем городцким людем тех людей ис тех дворов вывозити да сажати в свои старые дворы».
Существенные перемены произошли в середине XVI века в положении еще одного сословия русского средневекового общества — духовенства. Формирование этого сословия началось значительно раньше, чем формирование других сословий. Уже в домонгольской Руси сложилось довольно четкое представление, что «церковные люди» составляют особую общность, живущую по своему особому праву, подчиненную управлению и суду митрополита и епископов. Однако и к середине XVI века реального объединения всего духовенства в одно единое сословие не произошло. Еще и в это время значительная часть приходского духовенства и братия многих монастырей не подчинялись суду митрополита и епископов и не уплачивали налогов в их казну, будучи освобождены от этих обязанностей так называемыми «несудимыми грамотами» их светского сюзерена — великого князя (а затем царя). Решения созванного в начале 1551 года так называемого «Стоглавого собора» русского духовенства (в его работе активно участвовал и царь со своим окружением) положили конец подобной практике, а позднее епископы получили от царя грамоты, в которых подтверждалось их право суда над всем духовенством на территории их епархий. Хотя и это решение не было полностью реализовано на практике, само его принятие было важным шагом по пути освобождения духовенства от опеки государственной власти и его объединения в единую общность — сословие во главе с собственным руководством — духовной иерархией.
Одновременно решения Стоглава способствовали созданию и среди лиц духовного сословия институтов самоуправления. Правда, выборные представители приходского духовенства, так называемые «поповские старосты», существовали и до созыва собора, но теперь этот институт стал повсеместным и занял важное место во внутренней жизни духовного сословия и его взаимоотношениях с церковной иерархией. Не чиновники, назначавшиеся великим князем или епископом, а лица, выбранные самими священниками из собственной среды, наблюдали теперь за образом жизни духовенства и за тем, насколько правильно исполняются церковные обряды. Именно они должны были собирать налоги, уплачивавшиеся священниками в казну митрополита или епископа, принимать участие в работе суда вместе с судьями, которых назначали епископы, получив при этом право обжаловать их неправильные решения.