Уже при введении института губных старост были предприняты усилия, чтобы подчинить их деятельность руководству и контролю центральных органов управления. Сведения о выборах старост должны были посылаться в Москву, власти надлежало информировать и о судьбе имущества казненных за разбой людей. Наконец, в Москву можно было жаловаться на бездеятельность старост, их дурные поступки. В этом случае обещали «старосту казнити без милости». В своей работе старосты также должны были руководствоваться наставлениями, содержавшимися в текстах губных грамот, а позднее подробными наказами, составленными в Москве.
Те же особенности государственной политики отчасти даже в более жесткой форме проявились и при создании органов земского самоуправления: за дурное, недобросовестное исполнение обязанностей земским судьям и старостам угрожали смертная казнь и конфискация имущества. Грамоты о создании органов земского самоуправления предусматривали, что все спорные дела между людьми разных волостей должны рассматриваться на суде в Москве.
Неудивительно поэтому, что создание органов сословного самоуправления сопровождалось расширением центральных органов управления и усложнением их структуры. Разумеется, и ранее в княжеских канцеляриях трудились своеобразные чиновники того времени — дьяки и подьячие. Название говорит о том, что первоначально в княжеской канцелярии, как и в княжеских канцеляриях других европейских стран, работали клирики — духовные лица, которые в силу своего образования лучше владели искусством письма. Ко второй половине XV века дьяки и подьячие были, как правило, светскими людьми. Постепенно в конце XV — первой половине XVI века отдельным дьякам или даже группам дьяков стали поручать определенные дела. Так, например, были дьяки, наблюдавшие за ямской гоньбой (организацией быстрого проезда гонцов с разными государственными поручениями, для чего устраивались особые станции — ямы, где можно было брать новых лошадей). Однако лишь с реформами 50-х годов возникли особые органы центрального управления, сначала называвшиеся «избами» (по особым помещениям, построенным для них в Кремле), а потом получившие название «приказов». К сожалению, лишь в исключительных случаях мы более или менее точно знаем время создания того или иного приказа. Так, известно, что в 1549 году «приказано посольское дело Ивану Висковатого, а был еще в подьячих». Иван Михайлович Висковатый стал первым главой Посольского приказа — ведомства иностранных дел в России XVI—XVII веков. В середине 50-х годов XVI века в документах упоминается «Поместная изба», которая занималась учетом и распределением поместий, и «Разрядная изба», занимавшаяся организацией военной службы и назначением на военные должности. К середине 50-х годов XVI века относятся и первые упоминания о создании «Большого прихода», которому предстояло стать в дальнейшем главным финансовым учреждением страны. Для руководства и контроля за деятельностью губных старост в 1555 году было создано новое ведомство — Разбойная изба, сменившая бояр, «которым разбойные дела приказаны». Особые территориальные органы управления — «четверти» — после отмены кормлений занимались сбором налога «за наместничий доход», выплачивали из этих средств жалованье бывшим кормленщикам и осуществляли надзор за земскими органами самоуправления.
Увеличение государственного аппарата, усложнение его структуры, расширение его функций вели к увеличению роли и значения занятого в этом аппарате чиновничества, что со временем стало вызывать враждебную реакцию со стороны некоторых представителей знати. Так, в «Истории о великом князе Московском» с явной неприязнью упоминаются «писари же наши руския, им же князь великий зело верит, а избирает их не от шляхецкого роду, ни от благородна, но паче от поповичев или от простого всенародства». Слова Курбского красноречиво свидетельствуют о той силе и значении, которые приобрело чиновничество после реформ 50-х годов, хотя очевидна и их тенденциозность: наиболее видные дьяки происходили из добрых дворянских фамилий, а во главе целого ряда «изб» и в 50-е годы XVI века стояли бояре.
Как бы то ни было, создание приказов стало важным шагом по пути усиления роли государства в самых разных областях жизни русского средневекового общества. Наконец, следует отметить еще один важный аспект преобразований 50-х годов — осуществление комплекса мер, направленных на то, чтобы заставить сословия выполнять свои обязанности по отношению к государству.