Середина XVI века была временем резкого оживления всей русской общественной жизни. Проводились реформы, охватывавшие многие области жизни не только светского общества, но и церкви. Самые разные люди выступали с проектами преобразований — и ученый книжник Ермолай Еразм, и выезжий литовский шляхтич Иван Пересветов. Такая общая ситуация благоприятствовала и оживлению религиозных исканий, тем более что в Москве к середине XVI века появились сторонники Реформации. Протестантизм стал к этому времени легальным вероисповеданием у западных соседей России — в Великом княжестве Литовском и Польше, и количество его сторонников среди мещанства и шляхты все время увеличивалось. К середине 50-х годов в Москве возник немногочисленный кружок дворян, которые после бесед с приезжими поляками — «аптекарем Матюшкой» (Матисом Ляхом) и Андрюшкой Сутеевым подпали под влияние протестантских учений. Об этом довольно ясно говорит перечень обвинений в адрес участников кружка, который мы находим в официальных документах того времени. Еретики отождествляли церковь с собранием «верных», отвергали почитание икон, отрицали ценность священного предания, признавая для себя авторитетными лишь тексты Нового Завета, которым они давали толкования, отличные от тех, какие давала этим текстам церковь. Все это соответствовало наиболее общим положениям целого ряда существовавших в то время протестантских учений. В перечне этих обвинений вызывает известные сомнения лишь утверждение, настойчиво повторяющееся и в грамотах, и в официальной летописи, что еретики считали Иисуса Христа не равным Богу Отцу. Дело в том, что в лоне самой польско-литовской Реформации подобное учение (так называемое арианство) сложилось лишь десятилетием позже — к середине 60-х годов XVI века. Получалось, что русские еретики заметно опередили своих учителей.
По-видимому, участники кружка не отдавали себе отчета в том, насколько их взгляды расходятся с учением православной церкви. Об этом определенно говорит поведение одного из членов кружка, сына боярского Матвея Башкина, который стал активно излагать все то новое, что он узнал, своему духовному отцу, священнику Благовещенского собора Симеону, а позднее принес ему текст Апостола, где воском были размечены места, вызывавшие у него разные недоуменные вопросы. Вероятно, не случайно один из современников называл увлечения Матвея Башкина «ребячеством».
Как бы то ни было, при содействии Сильвестра текст Апостола, размеченный воском, попал в руки самого царя, и после этого разбор всего дела шел при его непосредственном участии. Царь распорядился посадить Башкина в подклеть на царском дворе и одновременно велел его «распросити осифовским старцом Герасиму Ленкову да Филофею Полеву». Эта запись свидетельствует об установлении к этому времени у молодого царя близких доверительных отношений с братией любимой обители своего отца — Иосифо-Волоколамским монастырем. Основатель обители и ее первый игумен Иосиф Санин вошел в историю русской церкви как беспощадный обличитель «еретиков» — «жидовствующих», против которых была направлена его книга «Просветитель». Сохранилась относящаяся к 50-м годам XVI века запись известного книжника того времени сарского епископа (а до того — игумена Иосифова монастыря) Нифонта Кормилицына, что он не может передать в Иосифов монастырь принадлежащую ему рукопись «Просветителя», так как «митрополит ея емлет и чтет, да и царь князь великий ея имал и чел». Неудивительно, что читавший «Просветитель» царь так энергично занялся розыском о новых появившихся в Москве еретиках. Дело не ограничилось с его стороны лишь распоряжением об организации следствия. Не менее активное участие царь принял и в деятельности церковного собора, созванного осенью 1553 года для осуждения еретиков. На соборе, как отмечалось в соборной грамоте, царь сам стал еретиков «испытывати премудре», они ж, «видевше благочестиваго царя крепко поборающа о благочестии и убояшась». Матвей Башкин испытал сильное психическое потрясение, сопровождавшееся расстройством речи: по сообщению летописи, он «язык извеся непотребно и нестройная глаголаша на многи часы». Покаявшись в своих прегрешениях, он начал своих «единомышленников перед царем на соборе с очей на очи обличать».
Участников кружка послали в заточение в различные монастыри. Однако этим дело не закончилось, и на собор для расследования стали вызывать людей, которые были знакомы Башкину и одобрительно отзывались об отдельных его высказываниях. До начала следствия ни царь, ни Сильвестр не знали Башкина (Сильвестр только слышал, что «слава про него недобрая носится»), но среди обвиненных в общении с еретиками заволжских старцев был человек, хорошо известный им обоим, — бывший игумен Троице-Сергиева монастыря Артемий.