Уход Артемия вызвал недовольство царя, а в 1554 году он был вызван на собор в числе лиц, обвиненных в сочувствии еретическим взглядам Матвея Башкина. Можно определенно утверждать, что в отношении Артемия эти обвинения были явно необоснованными. Веским доказательством могут служить факты его позднейшей жизни в Великом княжестве Литовском, где он упорно отстаивал учение и обрядность православной церкви в полемике с протестантами. Да и составители соборной грамоты по делу Артемия должны были признать, что когда его главный обвинитель, игумен Ферапонтова монастыря Нектарий, сослался на свидетелей, которые могли бы подтвердить его обвинения, «Нектарьевы свидетели в Нектарьевы речи не говорили». Обвинения Артемия в том, что он «латын хвалит» или «говорит хулу о крестном знамении», были очевидной клеветой. Но среди обвинений были и такие, которые соответствовали истинным взглядам Артемия.
Содержание его сохранившихся посланий ясно говорит о том, что он желал сам жить по заветам Евангелия и хотел, чтобы так же жил и окружающий мир. В послании к царю, как бы отвечая воображаемым оппонентам, он писал: «И будет, господарь, як же мнози глаголют, еже не мощно ныне жити по Писанию, вину да укажут нам, чего деля не мощно». В другом послании он возмущался словами некоего епископа, говорившего: «Не съидется де ныне по еуангелию жити: род ныне слаб».
Внимательное чтение Евангелия, желание проникнуть в самую суть морального учения Христа привели Артемия к твердому и последовательному убеждению, что церковь не должна прибегать к насилию в спорах с инакомыслящими.
Наиболее ясное и яркое выражение эти взгляды получили в посланиях, написанных Артемием в более поздние годы в Литве. В одном из посланий этого времени он писал: «Неподобно есть Христианом убивати еретичествующих, яко же творять ненаучении, но паче кротостию наказывати противящаяся и молитися о них, да даст им Бог покаяние в разум истины възникнути». Тот, кто хочет взять в руки оружие и убивать еретиков, должен знать, что «несть сие христианская премудрости, но мира сего распеншего Господа». Христос сам «бием не биаше и укаряем не укоряше». Обращаясь к читателям как бы от имени самого Христа, Артемий вкладывает ему в уста следующие слова: «Научитеся от мене, яко кроток есть и смирен сердцем, а не суров и безчеловечен, и съгрешающая исправите духом кротости, а не ранами и убийством, и темницами и юзами».
Будучи, как и многие «заволжские старцы», противником того, чтобы монастыри — объединения людей, отрекшихся от мира, владели селами с крестьянами и монахи жили за счет их труда, Артемий отвергал применение насилия в делах, касающихся веры, и не желал того, чтобы государство «нужением и властию» отбирало у монастырей их владения. Он явно предпочитал, чтобы монахи сами приняли решение «жити своим рукодельем, а у мирских не просити».
Эти убеждения Артемия находились безусловно в явном противоречии со всей традицией средневековой христианской церкви (не только православной).
Такие взгляды, хотя в более смягченной и сглаженной форме, Артемий излагал и в одном из своих посланий царю: надо не преследовать «невежествующих и заблудших, но во кротости наказывати». Нет ничего страшного, если кто «от неведениа о чем усумнится или слово просто речет, хотя истину навыкнути». Никто ведь не рождается с готовым разумом, а во время обучения всегда возможны ошибки. Поэтому и следует «разумети многое недостижение ума нашего и на въскоре кручинитися, но... правостию и кротостию Христовую и с разсмотрением вся творити». Когда Артемий писал в 1551 году эти слова, они звучали в унисон с теми наставлениями, которые давали молодому монарху Сильвестр и Максим Грек.
Но в 1554 году бывший троицкий игумен предстал перед церковным судом, и утверждение, что Артемий «еретиков не проклинает» и выступает против их казней, было одним из главных обвинений в его адрес. Митрополит Макарий, председательствовавший на соборе, спрашивал, знает ли Артемий, что «прежние еретики не каялися, и святители их проклинали, а цари их осужали и заточали и казнем предавали». Артемий, не вступая в прямой спор с митрополитом, сумел, однако, ясно и четко определить свою позицию. Имея в виду, что в самом начале подготовки собора против еретиков его предполагали включить в число судей, Артемий сказал: «По меня посылали еретиков судить и мне так еретиков не судить, что казни предать». Дело закончилось осуждением Артемия в конце января 1554 года на «вечное заточение» в Соловецком монастыре.
На обстоятельствах, связанных с созывом собора против еретиков, следовало остановиться так подробно не только потому, что это первое известное нам судебное разбирательство, на всех этапах которого молодой царь активно участвовал. Именно с созывом собора и его деятельностью следует, вероятно, связывать окончательное превращение Ивана IV в того защитника православия и чистоты православного учения, каким он выступает в свидетельствах последующих лет.