Система высших властных отношений в Русской Православной Церкви в середине XV века отличалась некоторой неопределенностью. Поставление митрополита Ионы без санкции Константинополя в 1448 году представлялось мерой исключительной, вызванной уклонением константинопольского патриарха в унию. При определенных обстоятельствах решение Москвы вполне могло быть пересмотрено. «Если бы Константинополь не был взят турками и если бы в то же время на место патриархов-униатов снова явились в нем патриархи православные, то более чем вероятно, что прежний порядок поставления наших митрополитов снова восстановился бы на неопределенные времена» (73, 508). Однако после взятия Царьграда «бесерменами» патриарх стал назначаться по воле турецкого султана, который присвоил себе в этом отношении прерогативы византийского императора. Такой патриарх, даже и отрекшийся от Флорентийской унии, казался москвичам «неполноценным». Получая от него свое рукоположение, московский митрополит тем самым как бы косвенно подпадал под власть султана. Для израненного двумя веками татарского ига самолюбия русских это обстоятельство было очень болезненным. Поэтому ни митрополит Феодосий в 1461 году, ни митрополит Филипп в 1464 году не помышляли о путешествии на Босфор. Завоевание Константинополя турками в 1453 году как бы подвело черту под «византийским» периодом в истории Русской Православной Церкви.
Порвав с древней традицией, московские правители опасались «цепной реакции» — вспышки сепаратизма со стороны русских епископов. Дабы избежать этого, они даже обращались к отвергнутому ими Константинопольскому патриархату с просьбой официальным образом признать новый порядок избрания московских митрополитов. Это, конечно, было уже слишком. Возмущенные наглостью русских, греки решительно отказали. Однако здравый смысл и московские подарки сделали свое дело. В патриархии не стали поднимать вселенского скандала по поводу «измены» московитов, и вопрос остался открытым. Греки молчаливо признали московскую автокефалию. Однако любой политический кризис в Северо-Восточной Руси неизбежно угрожал возродить этот тлевший под пеплом молчания вопрос.
Церковный спор вновь обострился в 1470 году. Литовский митрополит-униат Григорий неожиданно объявил о своем разрыве с Римом. Он обратился к патриарху через своего посла с покаянием и прошением принять его под юрисдикцию Константинополя. Патриарх Симеон по каким-то причинам не исполнил пожелания Григория. Однако его преемник патриарх Дионисий безоговорочно пошел навстречу раскаявшемуся униату. Он не только признал Григория вполне православным иерархом, но даже расширил его полномочия. Помимо православных епархий Польши и Литвы, Дионисий передал Григорию власть над теми епархиями, которые доселе находились под властью московского митрополита. Патриарх отправил своих послов в Москву и в Новгород, требуя низложить митрополита Филиппа, а его полномочия передать Григорию. Дело происходило в момент, когда назревало новое столкновение Москвы с Новгородом. Несомненно, именно здесь, в хитросплетениях большой политики, и коренится причина неожиданного превращения митрополита Григория из униата в православного. Такой поворот событий создавал новые возможности для борьбы с неуклонно нараставшей московской экспансией. Наиболее эффективное противодействие этой экспансии — сближение Новгорода с Литвой — должно было получить развитие именно в церковной сфере. Привыкшие гордиться чистотой православия, новгородцы едва ли согласились бы признать своим духовным главой митрополита-униата. Иное дело — вполне православный, признанный столь же православным константинопольским патриархом литовский митрополит…
Иван III более всего опасался открытого вмешательства в московско-новгородский спор польского короля Казимира. Впрочем, король, по-видимому, не имел намерения увеличивать свои владения за счет бескрайних новгородских земель. Легко было предвидеть все трудности и опасности, связанные с таким решением вопроса. Получив Новгород, король вместе с ним получил бы и затяжную войну с крепнущим на глазах Московским княжеством, которое имело много тайных и явных сторонников среди литовских православных князей. Враждебные действия тотчас предприняли бы татары и Орден. Да и в самом Новгороде доброхоты Москвы начали бы поднимать народ против нового сюзерена. На сторону Москвы встал бы и беспокойный сосед Новгорода — Псков.
Наконец, польско-литовское государство просто не имело достаточно сил и средств для прочного освоения всей огромной Новгородской земли. В Кракове и Вильно понимали, что корни новгородского процветания уходят далеко на восток — туда, где их легко может обрубить московская секира. Основным источником новгородского богатства была торговля товарами, происходившими из обширных областей в бассейне Северной Двины и Печоры (мед, воск, меха). Однако в случае перехода Новгорода под власть Литвы московский князь, опираясь на Вологду, Устюг и Вятку, тотчас оккупировал бы эти территории, без которых Новгород, в сущности, ничего не стоил.