Дальнейшая реконструкция великокняжеского двора затруднялась теснотой кремлевской застройки. Для освобождения места Иван III пошел на такой неординарный шаг, как «выселение» из Кремля древнего Спасского монастыря, основанного при княжеском дворе еще Иваном Калитой. Для обители было выделено новое место — в урочище Крутицы на левом берегу Москвы-реки, в трех верстах ниже Кремля. Там в 1491 году был заложен каменный собор Новоспасского монастыря. «Тое же весны, повелением великого князя, архимандрит Спаскый Афонасей заложил церковь камену на Новом Преображение Господа нашего Исус Христа» (19, 221). Об окончании этого строительства летопись сообщает пятью годами позже, под 1496 годом: «Тое же осени, сентября 18, в неделю, священна бысть церковь каменнаа Преображение Господа Бога и Спаса нашего Исуса Христа в монастыри на Новом, пресвященным Симаном митрополитом всеа Русии, при архимандритьстве Афонасиа Щедраго» (19, 233).
Расчистив место для нового строительства, Иван весной 1492 года приступил к возведению своего дворца («двора»). На время работ он перебрался со всем семейством в новый дом князя Ивана Юрьевича Патрикеева, находившийся неподалеку от Боровицких ворот. (Патрикеев взамен получил под застройку обширный пустовавший участок возле церкви Рождества Богородицы.) «Тое же весны априля в 5 в четверг вышел князь великы из своего двора из старого въ княжо Иванов двор Юрьевича в новой, и с великою княгинею Софьею и с детми, и с невесткою с великою княгинею с Оленою и со князем Дмитреем со внуком, а старой свой двор деревянои повеле разобрати того ради, что бы ставити новой двор камен» (31, 333). Однако не исключено, что все это — лишь позднейшее осмысление событий, а первоначально князь Иван планировал лишь отстройку нового деревянного дворца. Только к концу 90-х годов он «созрел» для строительства каменных жилых покоев.
Новый деревянный дворец был отстроен в короткий срок, за один летний сезон. Он занял и часть той территории восточнее Архангельского собора, которая раньше принадлежала опальному князю Василию Ярославичу Серпуховскому. «Того же лета поставиша великому князю двор древян за Архаггелом на Ярославичском месте» (19, 225). (Возможно, это был временный деревянный дворец, где Иван III предполагал жить до тех пор, пока не будет выстроен новый, каменный.) У нового деревянного дворца поначалу оказалась счастливая судьба. Уже весной 1493 года пожар вновь испепелил все деревянные сооружения в Кремле, однако дворец чудом (или старанием княжеских слуг) уцелел. «Тоя же весны, апреля 16, на Радуници, погоре град Москва нутрь весь, разве остася двор великого князя новой за Архаггелом, и у Чюда в монастыре казна (казначейская палата. —
Для борьбы с бесконечными пожарами Иван III в 1493 году предпринял решительные меры: лепившиеся по правому берегу Неглинки, под стенами Кремля, деревянные постройки были снесены, а на их месте возникла своего рода «полоса отчуждения» — барьер для огня. «Того же лета, повелением великого князя Ивана Васильевича, церкви сносиша и дворы за Неглимною; и постави меру от стены до дворов сто сажен да девять» (19, 226). (Обычная древнерусская сажень равнялась 216 см.) В эти же годы Неглинка была перекрыта плотиной близ самого устья. Ее воды широко разлились под стеной Кремля, создавая естественное препятствие и для огня, и для возможного неприятеля.
Эта мера была необходимой и эффективной. Однако огонь обманул людей и пришел оттуда, откуда его не ожидали. 28 июля 1493 года Москву вновь охватил страшный пожар, сопровождавшийся сильным ветром. Буря перебросила горящие головни через Москву-реку из пылавшего Замоскворечья. «А из Заречиа в граде загореся князя великого двор и великие княгини, и оттоле на Подоле житници загорешася, и двор князя великого новой за Архаггелом выгоре, и митрополич двор выгоре, а у Пречистые олтарь огоре под немецким железом, и въ граде все лачюги выгореша, понеже бо не поспеша ставляти хором после вешняго пожара, и церковь Иоанъ святый Предтеча у Боровитцких ворот выгоре, и Боровитцкая стрелница выгоре, и градная кровля вся огоре, и новая стена вся древянаа у Николскых ворот згоре… И многа бо тогда людем скорбь бысть, болши двою сот человек згоре людей, а животов бесчислено выгоре у людей; а все то погоре единого полудни до ночи. А летописец и старые люди сказывают, как Москва стала, таков пожар на Москве не бывал» (19, 227).