Дворец Ивана III не сохранился до нашего времени. Сейчас на его месте стоит Большой Кремлевский дворец, построенный в 1838–1849 годах по проекту архитектора К. А. Тона. Однако источники все же позволяют составить о нем некоторое представление. «Черты регулярности и пространственной замкнутости проявились в композиции всего нового великокняжеского дворца… Объединяющим началом дворцового комплекса послужил П-образный в плане подклет, обрамленный как с внешней, так и с внутренней стороны монументальной аркадой. Посреди внутреннего двора располагалась церковь Спаса на Бору, оставшаяся от великокняжеского монастыря, перенесенного в 1492 году за город, ниже по течению Москвы-реки. С западной стороны, откуда через Боровицкие ворота осуществлялся подъезд к великокняжеской резиденции, двор был ограничен каменной стеной с Золотыми (Гербовыми) воротами. Дворцовый комплекс в целом был дополнительно защищен с юга стеной, прошедшей по бровке холма от Боровицких ворот (заложена в 1499 году). Относительно регулярное взаимное расположение новых крупномасштабных палат на общей площадке подклета придавало большую величественность и цельность великокняжеской резиденции. Вместе с тем по своей функциональной организации дворец был вполне традиционен» (60, 312).
Естественным продолжением работ на Соборной площади стало возведение нового Архангельского собора. Древняя усыпальница московских князей, возведенная еще Иваном Калитой в 1333 году, Архангельский собор почему-то долго не привлекал внимания Ивана III. Лишь весной 1505 года, за полгода до своей кончины, великий князь приступил к его перестройке. «Тое же весны, маиа 21, повелением великого князя Ивана Васильевича всеа Руси, в граде Моекве на площади разобраша старую церковь, ветхости ради, святаго великого Архаггела Михаила… На том же месте заложиша новую церковь святаго Архаггела Михаила, и тогды выняша мощи великих князей и уделных. Тогда же и другую церковь разобраша, Иван святый Лествичник иже под колоколы, създанную от великого князя Ивана Даниловича в лето 6837, и заложиша новую церковь Иван святый на старом месте» (19, 244). Летопись явно объединяет два строительных действия (разборка старых зданий и закладка на их месте новых) в одно. Разборка старого Архангельского собора (которой предшествовало перенесение на новое место останков захороненных в соборе князей московского дома) и столпообразной церкви-колокольни Иоанна Лествичника началась значительно раньше. Впрочем, памятуя о том, что Аристотель Фиораванти разрушил старый Успенский собор всего за неделю, можно полагать, что и на сей раз эту проблему итальянские мастера решили достаточно быстро.
21 мая 1505 года, в день памяти святого равноапостольного царя Константина и матери его Елены, состоялась закладка нового Архангельского собора и новой церкви Иоанна Лествичника — исторического ядра современной колокольни Ивана Великого. Возможно, день для торжества был подсказан летописью: 21 мая 1329 года была заложена первая каменная церковь Иоанна Лествичника (25, 91). Впрочем, в этот день на Руси вообще часто начинали строительство храмов: Константин Великий был создателем главного храма христианского мира — храма Воскресения над Гробом Господним в Иерусалиме. Придворные книжники любили сравнивать Ивана III с Константином — «благоверный же и христолюбивый истинный православию поборник, якоже вторый благочестивый царь Констянтин, великий князь Иван Василиевич государь всея Русии и иных многих самодержец…» (20, 226).
Необходимым условием успешной защиты Московского государства от внешних врагов было строительство мощных укреплений в стратегически важных городах. Источники особо упоминают о постройке Иваном III деревянных укреплений во Владимире-на-Клязьме (1492) и Великих Луках (1493), а также каменных в Новгороде Великом (1484–1492) и Ивангороде (1492–1499). Новгородская крепость сохранилась до наших дней и поражает своей суровой мощью. Но все же главным достижением князя Ивана в этой области, несомненно, стала новая московская цитадель.
Прежняя белокаменная московская крепость, возведенная Дмитрием Донским и митрополитом Алексеем в 1367–1368 годах, сильно обветшала от времени, штурмов и пожаров. Ее стены казались деревянными от множества бревенчатых подпорок и «заплаток». Для столицы могущественного и независимого государства такая цитадель была уже явным анахронизмом.