Цар належним чином оцінив «подвиги» свого «православного Христолюбивого воїнства» – згодом на спеціальному параді з нагоди святкування річниці Полтавської перемоги, організованому за давньоримським зразком, було провезено і статую, що мала зображати Батурин, з наступним латинським написом (переклад мій. –
Протягом наступних місяців у Гетьманщині відбувалися численні слідства й жорстокі кари над усіма, хто був причетний або тільки запідозрений у причетності до справи Мазепи. Це мало місце скрізь, де стояли російські гарнізони (зокрема в Києві), але особливо страшну пам’ять, яка була жива ще у добу «Історії Русів» (перша чверть XIX століття), залишила по собі діяльність слідчої канцелярії в Лебедині (на території слобідського Сумського полку, недалеко від границі Гетьманщини). Там досить довго знаходилась царська ставка і було зосереджено більшість слідчих справ, що провадилися з особливою ретельністю й жорстокими тортурами (місцевим краєзнавцям добре відомий так званий «цвинтар мазепинців», де поховано, за різними даними, від кількох десятків до кількох сотень чоловік). За даними С. Павленка, тут гинули десятки людей, причетність котрих до справи повстання Мазепи була справді доведена чи лише гіпотетична. Це були агенти, кур’єри, розвідники, що працювали на користь гетьмана і короля, члени родин відомих мазепинців, їхні знайомі, близькі, на яких було написано донос. Допити, катування і страти провадилися і в інших значних містах Гетьманщини – спійманих мазепинців відвозили до Миргорода, Глухова, Гадяча – всіх міст, де були російські гарнізони. В Україні панував справжнісінький терор, атмосфера зрад, доносів, коли довіряти не можна було навіть родичам і найближчим друзям. Кого тільки не було серед заарештованих – ченці і черниці, старшини, козаки, селяни, міщани, купці…
Репресії проти мазепинців та пошук все нових і нових ворогів тривав і після перемоги під Полтавою, орієнтовно до 1715—1716 років. Але найголовнішим завданням Петра I було провести вибори нового гетьмана. Це питання було не нове: воно цікавило, безперечно, і українські правлячі кола ще за життя Мазепи, і російський уряд, коли прийшли дані про важку хворобу гетьмана. Нам невідомі докладніше думки і плани Мазепи щодо свого наступника. Можна думати, однак, що гетьманові хотілося, щоб його спадкоємцем (не лише його майна, а й гетьманського, а згодом і княжого титулу) був хтось із його небожів – спочатку Іван Обидовський, а потім Андрій Войнаровський, і це не було секретом у батуринських урядових колах. Але водночас Мазепа добре розумів, що Войнаровський ні за віком, ні за заслугами не може бути кандидатом на булаву. Ним міг би бути лише хтось з вищої української старшини, людина з великим «урядовим стажем» та авторитетом, матеріально незалежна. Головне ж – ця кандидатура мала бути прийнятною і для старшини, і для Москви, і для самого Мазепи. На думку О. Оглобліна, таким кандидатом, зокрема в очах Мазепи та Москви, був стародубський полковник Іван Скоропадський. 6 листопада 1708 року Скоропадський був обраний «вольными гласами» (і за присутності російського війська та царського посланця князя Г. Долгорукова) гетьманом України.
Всі вищезгадані заходи російського уряду мали насамперед військово-політичне значення. Але Москва не обмежилася агітацією проти Мазепи як свого політичного ворога. Цар дуже хотів знищити гетьмана як людину, причому це бажання помсти доходило до межі параної. До самої смерті Мазепи Петро І вживав усіх заходів, щоб гетьман таки потрапив живим до рук російських катів (чого варта лише серія пропозицій Карлові XII – вигідна мирна угода в обмін на невеликі територіальні поступки, визнання Августа польським королем і видачу Мазепи, або знамениті 300 тисяч талерів, запропоновані за фактично вже помираючого гетьмана великому візиру Османської імперії).