Памятником в Москве правления царевны Софьи был Каменный мост через Москву-реку, считавшийся чудом нашей столицы наравне с Иваном Великим. До этого времени Замоскворечье соединялось с Кремлем и Белым городом посредством так называемых «живых мостов», которые были составлены из плотов и разводились в половодье. Мы видели, что Михаил Феодорович для постройки постоянного каменного моста вызвал из-за границы инженера Ягана Кристлера, который сделал модель этого моста и начал его постройку. Но она остановилась в связи со смертью царя и возобновилась лишь при Софье Алексеевне и продолжалась пять лет, с 1682 по 1687 год. Строителем моста был какой-то монах, имя которого, к сожалению, остается неизвестным. Вбивали дубовые сваи в русло реки и, настлав их брусьями, выводили на них каменные сооружения. Постройки стоили так дорого, что тогда сложилась пословица: «дороже каменного моста». На левом берегу реки с двух сторон к этому мосту, называвшемуся Всесвятским, примыкали вторая кремлевская стена и стена Белого города, сходившиеся у Всесвятской стрельницы с проезжими воротами. У отводных его быков были пристроены водяные мукомольные мельницы с плотинами. На самом мосту стояли палаты Предтеченского монастыря, еще четыре небольшие палатки и деревянные лавки. На южном конце моста были ворота и палаты, над которыми возвышались два шатровые верха, увенчанные двуглавыми орлами. Под ними находились галереи, из которых деревянный сход вел на набережную к Царицыну лугу и Берсеневке. Здесь находились каменномостские бани.
Правление царя-девицы было смутно. Оно, как известно, началось буйством раскольников, которые, опираясь на сочувствовавшего им нового начальника Стрелецкого приказа князя Хованского и старообрядческую часть мятежного войска, под предлогом прений о вере с патриархом и всем Священным Собором совершили буйство не только на Красной площади, но и в самой Грановитой палате, несмотря на присутствие здесь правительницы и обоих царей. Торжествовавшие раскольники праздновали свою мнимую победу и при колокольном звоне торжественно служили благодарственный молебен в церкви Спаса в Чигасах. Но скоро они по приказанию царевны были схвачены, и Москва видела, как казнили на Красной площади их вожака Никиту Пустосвята.
Поддерживавший раскольников и мутивший стрельцов князь Хованский стал подозрителен для двора, а волнения среди стрельцов все росли. Эти обстоятельства принудили царевну со всем царским семейством уехать из Москвы сначала в село Коломенское, а затем в Воздвиженское близ Троицы. Обвиненный в цареубийственных замыслах Хованский с сыном был вызван туда и казнен.
Стрельцы было захватили Кремль и готовились к вооруженному сопротивлению, но когда Софья созвала к Троице служилых людей для защиты царской семьи, стрельцы одумались и принесли через своих выборных повинную. Царевна-правительница отправила часть стрелецких полков в Киев и приказала снять поставленный на Красной площади столб, на котором было написано оправдание мятежных действий стрельцов 15, 16 и 17 мая. Начальником Стрелецкого приказа был назначен думный дьяк Феодор Шакловитый, ставший опасным орудием Софьи против ее брата Петра.
Было очевидно, что Софья Алексеевна из временной регентши стремилась стать царицей, хотя ее правление и не было благословлено успехами и сопровождалось много раз неудачами, в том числе неудачи двух походов ее любимца князя В. В. Голицына в Крым, за который он, впрочем, был осыпан милостями царевны. Она не только принимала послов, решала государственные дела и писала грамоты от своего имени и своих братьев, но и называла себя самодержицей.