Мы не станем описывать известные подробности Стрелецкого бунта, отмеченного кровавыми явлениями и утихшего к концу мая 1682 года государственным переворотом, выразившимся провозглашением первым царем Иоанна, вторым — Петра, а правительницей Софьи. Упоминаем бунт раскольников, опиравшихся на стрельцов и дошедших до дерзкого требования, чтобы цари венчались по старым обрядам. Памятниками этого Смутного времени в Москве явились столб на Красной площади, поставленный, по требованию стрельцов, с именами убитых ими бояр и с перечислением мнимых их вин, и гробница убитого тогда перед Красным крыльцом боярина Матвеева у Николы на Столпах.
Смута еще не улеглась, а венчание на царство обоих государей было совершено 25 июня. Все происходило по установившемуся обряду. Первым лицом при коронации был князь Василий Голицын. Перед возложением на государей венцов патриарх, облаченный в саккос митрополита Фотия, спросил царей, «како они веруют и исповедают Отца и Сына и Святаго Духа?» Государи в ответ на это прочитали вслух символ веры. Коронационный обед по установившемуся обычаю происходил в Грановитой палате.
Недолгое и смутное время правления царевны Софьи не могло оставить по себе многих памятников в Москве.
В ноябре 1682 года в Кремле произошел большой пожар; сгорели выстроенные Феодором деревянные хоромы Петра Алексеевича и царевен; загорелся Успенский собор, на котором сгорела медная кровля и в главах оконницы; все значительные иконы и мощи были вынесены в Архангельский собор на то время, пока шли работы по восстановлению первопрестольного собора. В возобновленном Успенском соборе патриарх поставил епископа Луцкого и Острожского Гедеона (князя Святополка-Четвертинского) в митрополита Киевского и Галицкого. Через три года на месте погоревших были выстроены новые деревянные хоромы для царя Петра и его матери (при дворце в садовом пруду Петр пускал маленькие кораблики), а для царевны Софьи и других меньших царевен были возведены трехэтажные каменные палаты, в нижнем этаже которых была устроена, по приказанию Софьи, комната, «где сидят с боярами и слушают всякие дела». В то же время на кормовом дворе, возле верхнего Красного сада и новых хором царя Петра, построена церковь Свв. Петра и Павла. Для подкрепления Верхоспасского собора в Меньшой Золотой палате были подведены под своды крестообразные каменные «перететивы». Были возобновлены Грановитая, Золотая (средняя), Ответная и другие палаты. Вообще перед единодержавием Петра Кремль достиг апогея своего величия. Царские дворцы находились в самом цветущем состоянии, какого не достигали ни в одно из предыдущих царствований. В это время обширность и великолепие дворцов вполне выражали характер царской жизни, во всем ее блеске и пышности.
В 1686 году было окончено строительство церкви во имя святителя Алексия в Чудовом монастыре по чертежу, данному Феодором Алексеевичем. Цари Иоанн и Петр Алексеевичи собственными руками перенесли мощи святителя Алексия из храма Михаила Архангела во вновь построенную церковь, где они стоят и ныне. Царевна Софья участвовала, вопреки обычаю, в этом торжественном шествии. При большом звоне во все колокола правительница вышла с обоими царями из дворца и прошла с ними в Чудов монастырь. Здесь она во время службы стояла рядом с ними, а когда цари вместе с патриархом понесли угодника, она одна из всего царского семейства следовала за ними. С этих пор она не пропускала уже ни одного торжества или крестного хода, чтобы показаться народу. Этим она старалась достичь того, чтобы все привыкли смотреть на нее, как на свою царицу и самодержицу.