Являясь восстановителем прежних храмов Кремля, Михаил Феодорович был и создателем новых. Патриарх Филарет Никитич около 1630 года построил в Кремле, над Тайницкими воротами, первый на Руси храм (соборный) во имя Александра Невского. Как видно из дел Патриаршего приказа, в этом году, 7 июня, по указу патриарха «впервые выдано двум священникам и диакону 8 алтын и 2 деньги». Вот некоторые подробности об Александровском соборе, уничтоженном в конце XVII столетия. В описываемое время для него «поволакивал бархатом червчатым» евангелие переплетчик Ермолаев, «знаменил и золотил евангелистов и крест знаменщик Петр Матвеев. За киот и образ св. Александра Невскаго, для ношения в крестных ходах, заплочено иконнику Ондрюшке Ондрееву 16 алтын 4 деньги. За кадило заплочено 2 руб., 3 алтына, 2 деньги. Над царскими вратами были поставлены образа: Всемилостиваго Спаса, Знамения, Пречистыя Одигигрии, Пречистыя Владимирския, Страстотерпца Феодора и Михаила Малеина, писанныя иконописцем Назарием Истоминым». Протопоп собора с причтом на праздник св. Александра Невского ходил к святейшему патриарху со святою водою два раза в год: 30 августа и в ноябре.
Из других храмов, построенных Михаилом Феодоровичем в Кремле, известны: 1) находящийся теперь внутри дворца Верхо-спасский собор, или Спас за золотою решеткою. Он назывался также Спасом Нерукотворенным на сенях, или на верху. Построение этого храма относится к 1635–1636 году, ко времени увеличения царских теремов. Строитель храма был подмастерье каменных дел Огурцов. В этом храме говели и причащались цари, начиная от Михаила Феодоровича и до Петра I, были крещены их дети, и совершалось молебствие в день совершеннолетия царевичей, когда они объявлялись наследниками престола. Около этого храма, наверху теремной лестницы, была боярская площадка, на коей собирались наши сановники, прежде чем являться к государю. Церковь Спасова была отделена от нее вызолоченною решеткою. 2) «У царицы на сенях» в 1626 году, по повелению Михаила Феодоровича, была построена зодчим Джоном Тайлером церковь Великомученицы Екатерины и 3) церковь Воскресения Словущего, существовавшая с 1635 года и по стилю и украшениям сходная с Верхоспасским собором.
История московского Кремля при царе Михаиле Феодоровиче представляется очень оживленной, не по одному только созданию храмов, но и по обширному строительству дворцов.